聊聊单细胞实验那些事

自10x Genomics公司推出chromium单细胞捕获平台以来，单细胞技术的应用突飞猛进。各国的科研人员都体验到了大批量单细胞捕获技术的优势，纷纷投入单细胞天地，体会单细胞技术在科技领域的魅力。

当然了，单细胞技术的应用Z初或者说直到今天，也是在医学领域应用Z为广泛。它在医学的各个领域如免疫学、医药应用或者神经学等方方面面发光发热。农学中的畜牧领域也有较为广泛的涉猎，如猪、牛、羊等常见或其他不常见的动物都能找到较多的单细胞相关文章的发表，但是在植物领域却应用较晚且能搜索到的文章较少。植物应用受限的原因在与细胞壁。较厚的细胞壁屏障在植物疾病防御或者是逆境胁迫过程中起到了重要的保护作用，但是这种保护作用在单细胞技术应用上却成为了拦路虎。值得高兴的是，随着单细胞技术的广泛应用，大量研究报道表明单细胞转录组与单核转录组的Z终结果差异不大，这也给植物的单细胞技术应用点亮了明灯。单核转录组在植物领域越来越受欢迎，也越来越多植物相关研究者加入了单细胞阵营。在技术应用的同时，对于单细胞技术的质控方面，我们有必要仔细进行讲解。

关于单细胞悬液制备的质控，相信所有的老师都清楚明白，我们获得的悬液中，如果是单细胞悬液，需要细胞活性85%以上，无大于40 μm以上的细胞碎片（关于碎片这块，我们要尽量保证碎片尽可能的少，因为虽然小于40 μm的碎片不影响单细胞捕获，但是影响后续的反转录建库），如果是单核悬液，我们需要保证细胞核的完整性，并且活细胞率要小于5%，同时也需要保证无大于40 μm以上的细胞碎片。

细胞（核）悬液进行10xGenomics的chromium平台的单细胞捕获实验后，后续的质控就是捕获实验完成后，油包水的乳浊液是否分层、破油是否充分以及cDNA的浓度和片段分布是否合理。

以上实验的顺利进行后，就到了分析步骤了（什么，建库、测序质控，哎呀啦，这写步骤不属于单细胞实验特有，其他只有涉及二代建库测序项目，都需要满足的条件，我们就不在此说明啦）。

说到上机测序，有一点需要强调的就是，10x单细胞文库与我们常见的文库不太一样，测序策略需要有所调整，进行测序前，我们需要与测序公司仔细沟通，提前说明测序的文库是单细胞文库，并且是哪种单细胞文库类型，这样就不会出现测序数据不能用的情况啦。

好啦，回到测序后分析的质控话题上来。10x单细胞数据分析的质控，我们常常会经过cellranger后，得到一个网页版的质控文件，上一个页面也大家看看吧，相信大家应该都看的比较多了。

看到这样的图形界面，我们要怎么来判断结果的好坏呢？