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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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做植物单细胞实验,你准备好了么

单细胞技术正在如火如荼的开展,自2018年单细胞转录组被science评为年度技术之后,单细胞技术开启了跳跃式篇章,大量研究尤其是医学研究因单细胞技术的开展而大跨步前进。动物组织和细胞的单细胞研究经验越来越丰富,植物单细胞技术研究也开始正式进入人们的视野。

当然了,植物单细胞研究最初还是着眼于一些模式植物如拟南芥、水稻和玉米等。目前模式植物的不同的组织部位的图谱研究都已经发表。除了图谱研究植物,一些其他的与抗逆相关的研究、发育研究等也已经开展了。

那么,是否做其他物种的单细胞技术就直接copy就行呢?


  就目前我们的植物单细胞的分析经验来看,想做植物单细胞,并且能有好的结果,不是一个简单的事情。

首先,植物单细胞选择原生质体or细胞核,是一个大问题。原生质体的制备虽然已经有很多科学家探索,并且能够有效的制备,但是原生质体就一定好么?这个问题我们后面会来进行细讲。

其次,就是我们做好了单细胞实验,测序数据下机后,如何能保证后续分析是你想要的呢?这个才是对于是否有想要的结果的一个关键点。


        2020年发表在molecular plant杂志上的文章Transcriptional landscape of rice roots at the single-cell resolution中,表明了细胞注释对于数据分析是关键的一步,并且是非常重要的一步。在文章中,作者对拟南芥根的scRNA-seq数据与水稻根的scRNA-seq数据进行拟合分析,从拟合结果来看,拟南芥的数据与水稻的数据能很好的拟合。


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图:拟南芥scRNA-seq数据与水稻scRNA-seq数据拟合分析


   那么就能说明,拟南芥的细胞特异性marker基因能与水稻的marker基因共用么?如果不是本文的研究,我都要觉得,拟合度这么好的数据,marker基因肯定能共用啦,但是事实是,并非所有marker基因都能共用。

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图:拟南芥中RNA in situ验证水稻marker基因

基于此,一些非模式生物或者说研究背景不是特别清楚的生物,要做单细胞实验,不是一件简单的事情。没有marker基因,最简单的分群后的细胞注释就不能完成,那又怎么能跟与我们的研究目的挂钩呢?

如果你研究的是非模式生物,实验部分的困难交给爱基,妥妥完美解决,从取样到悬液制备到后续上机以及测序,我们一站式服务,但是到了数据挖掘分析这块,每个物种都有其研究背景,我们能协助,但是还是得以老师为主,所以,在实验之前,一定要问问自己,想做植物单细胞,你做好准备了么?


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