做植物单细胞实验，你准备好了么

单细胞技术正在如火如荼的开展，自2018年单细胞转录组被science评为年度技术之后，单细胞技术开启了跳跃式篇章，大量研究尤其是医学研究因单细胞技术的开展而大跨步前进。动物组织和细胞的单细胞研究经验越来越丰富，植物单细胞技术研究也开始正式进入人们的视野。

当然了，植物单细胞研究最初还是着眼于一些模式植物如拟南芥、水稻和玉米等。目前模式植物的不同的组织部位的图谱研究都已经发表。除了图谱研究植物，一些其他的与抗逆相关的研究、发育研究等也已经开展了。

那么，是否做其他物种的单细胞技术就直接copy就行呢？

  就目前我们的植物单细胞的分析经验来看，想做植物单细胞，并且能有好的结果，不是一个简单的事情。

首先，植物单细胞选择原生质体or细胞核，是一个大问题。原生质体的制备虽然已经有很多科学家探索，并且能够有效的制备，但是原生质体就一定好么？这个问题我们后面会来进行细讲。

其次，就是我们做好了单细胞实验，测序数据下机后，如何能保证后续分析是你想要的呢？这个才是对于是否有想要的结果的一个关键点。

        2020年发表在molecular plant杂志上的文章Transcriptional landscape of rice roots at the single-cell resolution中，表明了细胞注释对于数据分析是关键的一步，并且是非常重要的一步。在文章中，作者对拟南芥根的scRNA-seq数据与水稻根的scRNA-seq数据进行拟合分析，从拟合结果来看，拟南芥的数据与水稻的数据能很好的拟合。

图：拟南芥scRNA-seq数据与水稻scRNA-seq数据拟合分析

   那么就能说明，拟南芥的细胞特异性marker基因能与水稻的marker基因共用么？如果不是本文的研究，我都要觉得，拟合度这么好的数据，marker基因肯定能共用啦，但是事实是，并非所有marker基因都能共用。

图：拟南芥中RNA in situ验证水稻marker基因

基于此，一些非模式生物或者说研究背景不是特别清楚的生物，要做单细胞实验，不是一件简单的事情。没有marker基因，最简单的分群后的细胞注释就不能完成，那又怎么能跟与我们的研究目的挂钩呢？

如果你研究的是非模式生物，实验部分的困难交给爱基，妥妥完美解决，从取样到悬液制备到后续上机以及测序，我们一站式服务，但是到了数据挖掘分析这块，每个物种都有其研究背景，我们能协助，但是还是得以老师为主，所以，在实验之前，一定要问问自己，想做植物单细胞，你做好准备了么？