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ChIP Spike-in 了解下染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)实验被广泛用于确定整个基因组中任何感兴趣的蛋白质的结合位置，包括转录因子、RNA聚合酶以及有或没有各种修饰的组蛋白。实验时，通常情况下是研究一种细胞类型和一种特定条件下蛋白质的结合位置，但是原则上来说，并没有限制几种细胞类型、组织或者实验条件。当然了，实验时，如果真的需要比较不同细胞类型、组织和条件下蛋白质的结合情况，需要将结果进行标准化。常规的标准化方法是使用分位数归一化方法，这种方法在探究蛋白质在全基因组中的结合位点时使用良好，但是一旦进行差异比较时，就显得劣势。这时候，sample-to-sample的标准化步骤就显得格外的重要。由此隆重推出本次的新星 ChIP Spike-in。 ChIP Spike-in指的是在一个ChIP实验中，加入已知外源的染色质和已知的外源抗体用于整个实验的质控及标准化。Z常用的就是加入果蝇的染色质及抗体。 使用spike-in内参可以减少假阳性的结果。具体方法是在每个处理样本中加入相同比例的参照样本。加spike-in重复间的相关性明显增强。具体的见下方图示：
图：在ChIP实验中，添加spike-in和不添加spike-in时结果的差别 ChIP Spike-in 优势： 1、 减少技术误差效应 2、 检测标准ChIP分析无法观察到的细微生物学差异 3、 是否可以无偏差的应用于不同的抗体和样本 给大家展示一个示意图，就能够一目了然了。
图：ChIP spike-in流程示意图，human为spike-in样本 好了，今天ChIP spike-in就聊到这里了，不要问我们做不做ChIP spike-in，问不问我们都做的。对于一个ChIP技术熟练到家的资深ChIP户，只要与ChIP技术相关，有啥不阔以的捏。 |
