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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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客户文章 | ChIP-seq技术解析细菌中的基因调控机制

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研究材料


铜绿假单胞菌

研究技术


ChIP-seq、EMSA、RT-qPCR

研究背景


        铜绿假单胞菌是一种机会性革兰氏阴性细菌病原体,可在免疫功能低下的患者中引起各种感染。多黏菌素B是一种环状多肽抗生素,是革兰氏阴性菌(包括铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌和鲍曼不动杆菌)引起的严重感染的最后治疗选择,其亲水和疏水区域是其抗菌活性所必需的。在革兰氏阴性菌的细胞膜表面,带正电荷的多黏菌素与带负电荷的脂多糖(LPS)结合,并将脂肪酸链插入细菌外膜(OM),增加膜的通透性,促进多黏菌素通过外膜,随后破坏细菌内膜(IM)的完整性。

       在铜绿假单胞菌中,双组分调节系统PhoP - PhoQ参与了细菌对多黏菌素的抗性。然而,PhoP直接调控的基因及其在细菌耐多黏菌素B中的作用仍有待探索。

研究结果


        本研究作者旨在鉴定PhoP直接调控的基因,进一步探索这些基因在细菌对多黏菌素B耐受中的作用和功能机制。为了鉴定有助于多粘菌素B耐受的其他PhoP调控基因,作者进行了染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)分析,并在染色体上发现了新的PhoP结合位点。进一步证实PhoP直接控制PA14_46900、PA14_50740和PA14_52340的表达,以及PA14_11970-PA14_11960和PA14_52340的操纵子PA14_52350-PA14_52370。结果表明,PA14_46900的突变增加了细菌对多粘菌素B的结合和敏感性。同时,突变PA14_11960 (papP)、PA14_11970 (mpl)、PA14_50740 (slyB)、PA14_52350 (ppgS)和PA14_52370 (ppgH)后,细菌在多粘菌素B和十二烷基硫酸钠(SDS)处理下存活率降低,溴化乙锭流入增加,表明这些基因在维持膜的完整性方面发挥了作用。通过1- n -苯基萘胺(NPN)和碘化丙啶(PI)染色,作者发现papP和slyB参与维持外膜完整性,mpl和ppgS-ppgH参与维持内膜完整性。总之,本文的结果揭示了新的PhoP-PhoQ调控基因有助于多粘菌素B耐受。

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参考文献


Yang B ,  Liu C ,  Pan X , et al. Identification of Novel PhoP-PhoQ Regulated Genes That Contribute to Polymyxin B Tolerance in Pseudomonas aeruginosa[J]. Microorganisms, 2021, 9(2). DOI:10.3390/microorganisms9020344


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