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ChIP专题 | ChIP-seq测序量要求及数据分析ChIP实验建库完成，就需要进行测序了，那么测序选择什么策略及平台可以根据实际情况进行选择，这里我们就不再进行赘述。 建库后，测序量的要求是怎么评估的呢？ 是越多越好？钱多的可以考虑啊，大部分基于经费考量，我们测够数据量就行，至于最低标准，我们来看看ENCODE上怎么说。 目前ENCODE计划上，已经公布了很多人、鼠的ChIP-seq数据，大家也可以进行参考。ENCODE上，也明确给出了测序建议。
意思就是：窄峰模式最少有20 M有效片段，宽峰模式最少有45 M有效片段，H3K9me3最少有45 M有效片段。 至于哪些组蛋白修饰是宽峰模式，哪些是窄峰模式，见下表：
所以，我们测序测到20 M有效片段就够了。 至于ChIP-seq的生信分析流程，见下图： 在ChIP-seq实验中，做不做IgG呢？ 我们的客户也经常说要做IgG，当然，可能是ENCODE上这么写了：Each ChIP-seq experiment should have a corresponding input or IgG control experiment with matching run type, read length, and replicate structure。但是大家看清楚，选择input或者IgG，通常，我们比较建议做input，因为input在实验过程中，因为一些重复序列或者其他原因，造成有些样本的input也会有peak峰，这个时候是需要在对样本IP后的序列进行分析时去除input的干扰。这个相信大家都能够明白和理解。 那么做IgG的意义呢？理论上来说，应该需要做IgG来去除抗体本身结合DNA序列产生的非特异富集。但是这个抗体自身产生的非特异富集是可以通过实验手段进行干预去除，所以爱基百客的IgG富集后纯化的DNA浓度会特别特别低，建库几乎会失败。这就表明IgG几乎不存在背景干扰，所以我们是不建议做IgG富集（当然，如果要做的是ChIP-qPCR的话，IgG是一定要做的）。 |
