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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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SAMPLE DELIVERY GUIDE

送样指南

详细内容

ChIP-seq篇

1、ChIP实验推荐多少个生物学重复?

这个根据老师的实验目的来判断,如果仅仅只是想知道目标转录因子的靶结合基因,可以考虑1-2个样本进行实验;如果需要探究不同处理之间的结合差异,则推荐2-3个生物学重复。


2、ChIP-seq在找到关心的靶基因后,要怎么进行结合验证?

体内实验可以选择ChIP-qPCR;体外实验可以选择EMSA(需要有预期的结合位点序列)。此外还可以选择酵母单杂、双荧光素酶等实验(在没有目的靶点的时候,可选整个启动子进行实验)。


3、什么蛋白都可以做ChIP-seq实验吗?

ChIP-seq是用来研究转录因子/组蛋白修饰与DNA结合的测序实验,最好先确定您的预期蛋白具有结合DNA的能力(DNA Binding domain),但也会有一些蛋白能够在复合体其他蛋白的辅助下完成对DNA的调控(转录辅因子),这个也可以做,但是在数据挖掘以及验证时可以会更复杂一些。


4、ChIP实验我需要提供什么?

首先,需要保证您的目标蛋白具有同物种商业化ChIP级别的抗体,其次,保证能够寄送样本的足量性和保存条件(-80°C环境或干冰、液氮,无复融),然后需要提供总蛋白WB的检测结果(验证蛋白的正常表达及抗体的特异性;如无法进行,也可委托我们进行(定性实验)。


5、如果我的目的蛋白没有ChIP级别抗体怎么办?

首先,可以考虑构建转标签体系(如Flag、His、HAGFP/eGFP等),这样可以利用ChIP级别的标签抗体去进行富集实验(推荐);其次还可以自制抗体,但这类方法不推荐,无法保证富集效率,风险极大。


6、公司能够提供ChIP级别的抗体吗?

目前我们公司能够提供部分常见组蛋白修饰(H3K4Me3、H3K36Me3、H3K27Me3、H3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Ac)以及标签(HA、Flag、GFP)抗体,其他抗体需老师自备。


7、ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq有什么区别?为什么有这么多技术?

这三个技术都是用于检测蛋白与DNA互作的技术。

1)检测环境:ChIP-seq和CUT-Tag都是体内实验,结果反应的是这个蛋白在体内的真实结合情况;DAP-seq是体外实验,相比ChIP-seq和CUT-Tag假阳性更高。

2)检测原理:ChIP-seq利用抗体对蛋白进行免疫沉淀;CUT-Tag技术利用抗体-proteinA-Tn5对结合区域进行切割捕获;DAP-seq在体外表达Halo-蛋白,利用磁珠进行亲和纯化,不需要抗体。

3)各自特点:

ChIP-seq:需要ChIP-seq级别抗体,对样本量要求高,适用于组蛋白修饰和转录因子

CUT-Tag:需要ChIP-seq级别抗体,对样本量要求低,更适用于组蛋白修饰

DAP-seq:采用无细胞植物麦胚表达系统,对样本量要求低,但只适用于植物的转录因子。


8、你们公司都做过哪些物种和样本的ChIP测序?(仅展示部分)

物种:在动物方面,常规的人、鼠、斑马鱼、猪、鸡、鸭、牛、线虫等,还有些不常见的褐飞虱、蟹、刺参、蚕蛹、海马等。

植物方面,从草本到木本,如拟南芥、水稻、番茄、花山、甜瓜、嵩草、无花果等。

微生物方面,酵母、芽孢杆菌、假单胞菌、镰刀菌等。

样本类型:动物常见的内脏组织、皮肤、卵巢、脂肪、胚胎等;植物常见的根茎叶、块茎、花蕊、原生质体、愈伤组织等。


9、ChIP-seq为什么要进行input分析?

首先,input是染色质片段化后不进行免疫沉淀的那部分DNA片段,通过后续数据分析,我们可以通过Input对照排除背景噪音(排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks),验证染色质断裂的效果和整个实验中IP效果,所以Input对照是IP-seq实验必不可少的步骤。


10、生物学重复之间,能否不同的IP使用同一份input进行分析?

如果能保证生物学重复处理的一致性,可以考虑使用同一份input进行分析。



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