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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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科研绘图|一个R包轻松搞定Manhattan图和QQ图


NO.1

 简  介 

Mahattan图和QQ图都是在遗传学中常用的图形。Manhattan图通常用于展示基因组关联研究(GWAS)的结果,而QQ图则是用来验证GWAS结果是否符合期望分布的工具。

在本文中,我们将使用R语言中的qqman包来绘制这两种图。

图片10.png

Manhatton图

图片11.png

QQ图

NO.2

安装qqman包

首先,我们需要安装qqman包。在R环境中,你可以使用以下代码来安装:install.packages("qqman")

安装完成后,使用以下代码加载包:

library(qqman)

NO.3

数据准备

在开始绘图之前,我们需要先准备数据。这里我们假设你已经有了GWAS研究的结果,该结果应包含以下信息:SNP名称,染色体位置,基因位置,以及P值。这些数据应该在一个数据框(dataframe)中,每一列的名称分别为SNP、CHR、BP和P。之后的结果,我们使用包中子代的数据进行绘制。

head(gwasResults)

图片12.png

NO.4

绘制Manhattan图


有了数据,我们就可以开始绘制Manhattan图了。在qqman包中,我们使用manhattan函数来绘制Manhattan图。

manhattan(mydata)

图片13.png

如果想要突出显示某些SNP,可以使用highlight参数。这里我们突出显示最高点附近的100个SNP位点,这些位点存储在snpsOfInterest函数中。

str(snpsOfInterest)

图片1.png

manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest)

图片14.png

NO.5

绘制QQ图

QQ图的绘制相对简单一些,我们只需要用到GWAS结果中的P值。在qqman包中,我们使用qq函数来绘制QQ图。

qq(gwasResults$P)

图片15.png

你可以使用main参数来添加标题。

qq(gwasResults$P, main = "QQ Plot of GWAS P-Values")

图片16.png

结  论 

以上就是在R语言中使用qqman包绘制Manhattan图和QQ图的方法。虽然这个包提供的功能相对简单,但它已经足够用于大部分的GWAS结果可视化需求。如果你需要更复杂的功能,可能需要考虑使用如ggplot2这样的更强大的绘图包。

希望这篇教程对你有所帮助,如果你有任何问题或者需要关于R语言的更多教程,欢迎随时和我们沟通。

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