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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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TRRUST:实用的转录因子-靶标基因调控数据库

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转录因子是转录调控中的主要反式作用因子。因此,阐明TF-靶标相互作用是理解复杂特征(疾病、生长发育等)背后的调节回路的关键一步。前面我们分享了动物转录因子数据库AnimalTFDB v4.0 以及植物转录因子数据库PlantTFDB 

在这里,今天接着给大家介绍一下TRRUST数据库,全称Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining。它是人工注释的转录调控网络数据库,TRRUST不仅包含转录因子对应的靶基因,也包含了转录因子间的调控关系。所提供的TF-target互作信息能够避免TF-target互作信息假阳性高。

TRRUST目前包括两个物种:人和小鼠,分别包含800个人类TF和828个小鼠TF的8,444和6,552个TF目标调节关系。它们源自11237篇发表的文章,其中描述了转录调控的小规模实验研究。TRRUST数据库还提供调节模式(激活或抑制)的信息,已知有8,972个调控信息,占比59.8%。

数据库文章发表在Nucleic Acids Research;题目为:TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions作者使用MeSH词汇查询、不断改进的sentence-based文本挖掘算法,加之挖掘后仔细的人工校对,保证了该数据库中的TF-target调控互作都是经过实验验证的。目前该数据库收录了已经报道的人和小鼠的6552对TF-target调控信息

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  • TRRUST:http://www.grnpedia.org/trrust/

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TRRUST使用教程


打开网页主页,可以发现主要分为三个部分。第一部分是ABOUT TRRUST,点击“About TRRUST”即显示当前页面,展示了TRRUST数据库的基本信息。点击“Download”,页面跳转到如下,用户可以下载TRRUST数据库所收录的人和小鼠的所有TF-target调控关系对。

接下来重点介绍TRRUST的SEARCH模块。

1、可以在红色框内选择物种人/小鼠;然后选择想要查询的转录因子。我们以人的SOX9转录因子为例。

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点击提交得到3部分结果:

1.Targets and TFs :该转录因子(SOX9)靶向的基因,以及其他哪些转录因子调控该转录因子(SOX9)

2.Other TFs that share targets :该转录因子(SOX9)协同其他转录因子之间的蛋白质-蛋白质相互作用网络

3.Associated diseases/pathways :与该转录因子(SOX9)相关的疾病/途径

第一部分结果由图可以看出 AMH、AR、BEST1、CDK4都基因都受SOX9调控,还可以点击下载按钮把这些SOX9靶向的基因下载下来。

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还可以得到CEBPZ、CREB1、GLI1等这8个转录因子调控SOX9

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第二部分展示的与SOX9共享靶基因的其他TF列表,以及SOX9协同TF之间的蛋白质相互作用网络。

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第三部分展示的是与转录因子SOX9相关的疾病/通路,包含有疾病相关通路、KEGG相关通路以及GO terms分析。

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另外还可以搜索非转录因子蛋白,以人的CDKN1A为例。

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点击提交可以得到有哪些转录因子调控CDKN1A

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除了查询单个基因的调控情况,还可以提交一组功能/途径/表型的基因进行查询。以网站中的示例人类乳腺肿瘤中ESR1敲低引起的DEGs。

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点击提交得到这一组差异基因的调控关系,结果会展示有效查询基因,无效查询基因以及查询TRRUST(12)中包含的基因及其表格。

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我们可以看到ESR1转录因子在这一组基因中靶向6个基因;而且会展示对应的p值以及FDR值。点击# of overlapped genes中这6个基因。可以得到ESR1靶向的这6个基因的具体信息以及靶基因的GO描述。

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总结一下,通过TRRUST我们可以得到人和小鼠某一基因的调控关系,还可以得到一组基因中的关键转录因子。数据库还提供了下载链接,可以得到完整的数据信息。

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今天的介绍就到这里了,只有更加清楚的了解转录因子的调控关系,才能更好阐明我们所要研究的疾病、发育等表征。做转录因子相关验证可以找爱基百客做ChIP-seq、IP-MS、DNA pull down等相关实验,有相关问题可以及时和我们沟通哦。

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