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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000m2,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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云平台教程 | 手把手教你科研实用绘图之Venn图

·  爱基百客云平台小工具使用

    1.1 爱基百客云平台小工具科研常用绘图之Venn图

    1.2 参数设置

    1.3 任务查看

    1.4 结果

         1.4.1 Venn图

       1.4.2 交集元素表格


01
爱基百客云平台小工具使用
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首先,打开爱基百客官网:http://www.igenebook.com;点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。

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弹出云平台界面(下图),输入账号、密码和验证码方可登录;进入云平台,可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化,实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”!

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登陆后,如下图,我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了32款小工具供大家使用,包括基础绘图,高级绘图,差异检验,聚类分析,序列处理等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。

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1.1 
爱基百客云平台小工具科研常用绘图之Venn图
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Venn图(Venn diagram)是一种用于展示两个或多个集合之间的关系的图形表示方法。它由英国逻辑学家和数学家约翰·Venn在1880年首次提出。Venn图的主要目的是通过两个或多个重叠的(椭)圆形区域来表示集合之间的交集、并集以及差异。每个(椭)圆形代表一个集合,圆形之间的重叠部分表示两个集合的交集,即同时属于这两个集合的元素。圆的一部分位于另一个圆之外表示该元素属于这个集合,但不属于另一个集合。

当生物信息学研究需要整合来自不同来源的数据时,Venn图可以帮助识别数据集之间的共同和独特元素,从而推进数据挖掘。不过,随着数据集的增加,Venn图的复杂度也会增加,如超过四集合Venn图对于人类视觉来说可能难以准确解释。在这种情况下,可以使用更复杂的图形表示方法,如upset图或者花瓣图。这两种图形爱基百客云平台均有提供可视化小工具。

爱基百客云平台Venn图可视化地址:http://124.71.149.47:5000/smalltools/detail?id=1675798338525478913。

下面我们进行韦恩图可视化实操练习。

首先点击小工具韦恩图

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右侧的工具介绍对Venn图小工具的主要用途,使用方法以及结果解读做了详细的说明。左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时,该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义,后面将详细介绍。输出名自定义,默认Result。

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1.2 
参数设置
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输入文件:支持txt(制表符分隔)文本文件,以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

输入文件为各元素集合组成的表格。其中每一列代表一个集合,第一行表示集合的名称。如下表所示:

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如果文件已经上传过,您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定,无须再次上传。另外你可以根据自己的喜好选择不同的色系,输出名默认是result。

填写好上述所有的参数后,点击提交即可。


1.3 
任务查看
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您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询,找到需要的任务。如下图:当状态成功时,表示任务成功结束。

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点击下载按钮可直接打包下载全部结果。点击查看按钮可在线查看结果。

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您可在在线查看结果后选择是否下载保存。另外如果结果较多时,结果展示区还可通过点击左侧或右侧的箭头进行图片切换。您可挑选自己感兴趣的结果图片进行下载保存。

下载 (9).png


1.4 
结果
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输出结果包含pdf格式和png格式的Venn图以及交集元素表格。


1.4.1 
Venn图
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也可根据自己的喜好换个配色试试。如使用”#e4c9b2”,“#f1c2a5”,“#f49d98”,“#fcd68f”这组粉色系。

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1.4.2 
交集元素表格
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交集元素表格如下表所示:

下载 (12).png

该表格总结了不同元素集合组合的计数和值信息。每行代表一种特定组合的状态。前面若干列代表的是输入的元素集合状态(TRUE 代表参与交集,FALSE代表的是不参与交集),倒数第二列是满足组合状态下的值,最后一列代表的是具体组合状态的交集元素。 如FALSE TRUE TRUE TRUE 1 AFLA_114050表示RNA_DOWN、ChIP_UP、ChIP_DOWN三组交集元素有一个,为AFLA_114050。

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