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微生物ChIP-seq,舍我其谁?众所周知,爱基百客主打提供领先的表观组学技术服务,ChIP-seq更是我们的王牌产品。不管是动物、植物,还是微生物样本,我们都有自己独特的实验秘笈。今天就来看看我们在微生物ChIP-seq的实力吧。 据不完全统计,我们已做过ChIP的微生物样本包含以下这些种类: 下面跟着小编来看一下我们的成功合作项目案例(部分)吧。 IGENEBOOK 合作案例一
文章通过ChIP-seq技术揭示了酿酒酵母中SESAME复合体如何通过与SAS复合体相互作用,特异性调控亚端粒区域的H4K16ac水平,进而影响端粒沉默和细胞衰老。研究发现,在醋酸存在的情况下,SESAME复合体与SAS复合体的相互作用增强,导致H4K16ac水平上升,Bdf1蛋白结合增加,Sir2从端粒解离,从而破坏端粒沉默,加速细胞衰老。这一研究揭示了乙酰辅酶A代谢与细胞衰老之间的保守调控机制,并暗示了醋酸代谢在调节端粒沉默和细胞衰老中的作用。 IGENEBOOK 合作案例二
本文研究了Ralstonia solanacearum中2',3'-环鸟苷酸单磷酸(2',3'-cGMP)的生理和毒力调控机制,揭示了2',3'-cGMP通过其受体RSp0980调控青枯雷尔氏菌的生物膜形成、运动性、毒力和群体感应信号系统。研究利用ChIP-seq实验找到了2',3'-cGMP信号系统中RSp0980直接调控的靶基因,为理解2',3'-cGMP在细菌中的特殊调控机制提供了重要信息。 IGENEBOOK 合作案例三
本文研究了蓝藻(Synechocystis)在铁和磷共限制条件下的适应策略,发现缺乏通过PhoB介导的调控网络缓解了铁限制对蓝藻生长的抑制。PhoB不仅调控磷同化基因,还调节铁摄取和活性氧(ROS)解毒等关键代谢过程。研究利用ChIP-seq实验找到了PhoB在基因组水平上直接调控的靶基因,揭示了PhoB在铁/磷共限制条件下调控的广泛基因网络,为理解蓝藻在营养波动环境中的适应机制提供了重要信息。 IGENEBOOK 合作案例四
本文研究了铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)中一个新的调控因子PvrA在细菌毒力中的作用,发现PvrA通过控制细菌对长链脂肪酸的利用来促进其致病性。ChIP-seq实验揭示了PvrA直接调控的基因,包括与磷脂酰胆碱利用和脂肪酸分解相关的基因,为理解PvrA在细菌代谢和毒力中的调控机制提供了重要信息。 IGENEBOOK 合作案例五 项目文章 | New Phytol & Small RNA-seq和ChIP-seq联合分析助力揭示稻曲菌抑制水稻免疫的新机制
本文研究了水稻稻曲病菌(Ustilaginoidea virens)分泌的效应蛋白UvSec117如何通过靶向水稻组蛋白去乙酰化酶OsHDA701来抑制水稻免疫反应。研究发现,UvSec117通过增强OsHDA701的去乙酰化活性,降低水稻组蛋白H3K9的乙酰化水平,从而干扰防御基因的激活。ChIP-seq实验进一步揭示了UvSec117如何通过调节H3K9ac标记的基因来抑制水稻的免疫反应,为理解病原菌在表观遗传水平上抑制宿主防御反应的机制提供了重要见解. IGENEBOOK 合作案例六
本文研究了禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum)中的Fng3 ING蛋白,发现其通过与NuA3组蛋白乙酰转移酶(HAT)和FgRpd3组蛋白去乙酰化酶(HDAC)复合体相互作用,调控组蛋白H3的乙酰化和H4的去乙酰化,从而影响真菌的发育和致病性。ChIP-seq实验揭示了Fng3与NuA3复合体共同调控的基因集,为理解Fng3在表观遗传调控中的作用提供了重要信息。 IGENEBOOK 合作案例七
本文研究了昆虫病原真菌罗伯茨绿僵菌(Metarhizium robertsii)在感染昆虫过程中如何区分昆虫表皮和血腔微环境的机制。研究发现了一个新的调控级联反应,其中转录因子COH2在昆虫表皮上激活表皮穿透基因的表达,而在血腔中,蛋白COH1与COH2相互作用,降低COH2的稳定性,从而抑制表皮穿透基因的表达并上调血腔定植基因的表达。ChIP-seq分析揭示了COH2直接结合的DNA序列基序COH2-BM,为理解COH2在调控基因表达中的作用提供了重要信息。 爱基百客在微生物ChIP-seq领域的实力和成果有目共睹,通过与众多科研单位的紧密合作,我们助力揭示了多种微生物在不同环境条件下的基因调控机制,为微生物学研究提供了丰富的数据资源和深入的见解。未来,我们将继续致力于技术创新和服务优化,为更多的微生物研究项目提供强有力的支持,推动微生物学及相关领域的科研发展。 如有相关技术需求,欢迎联系我们。祝大家科研顺利,发文就发CNS~ 项目咨询 · 爱基百客王牌产品ChIP-seq简介 · · ChIP-seq相关介绍 · ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀和二代测序技术结合,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,可用于组蛋白修饰、RNA聚合酶、转录因子和辅因子以及G4链体(G4)等方面的研究,技术成熟稳定。爱基百客ChIP-seq可提供:
Peak分析: Peak注释和分布分析,Peak关联基因的GO、KEGG的注释和富集分析, 转录因子和Motif分析等。 多样本差异分析:差异 Peak 分布情况统计,差异 Peak 关联基因GO、KEGG 功能注释与富集,转录因子预测,Motif 预测等。 · 后续验证 01 ChIP-qPCR 分析组蛋白修饰/转录因子与染色质区域的结合情况,揭示染色质状态和基因表达调控之间的关系,真实反映结合特性。 02 EMSA 基于DNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)中的迁移率不同,检测活化的与DNA结合的蛋白转录或调节因子。 03 双荧光素酶报告实验 检测转录因子与靶启动子的特异结合。
ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究: 1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。 2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录组数据可以了解这些修饰对基因表达的影响。 · 爱基百客ChIP-seq三大优势 优势一:项目经验丰富,研究物种200+种,累计实验2000余次。全面覆盖医口和农口等不同样本,不惧特殊样本(如脂肪组织、高淀粉组织和真菌类),抗体经验也极其丰富(多种组蛋白修饰、转录因子、标签抗体以及p300和RNApol II等均有涉及); 优势二:提供前期实验设计、测序、分析以及后期验证(ChIP-qPCR、EMSA)一站式服务; 优势三:项目文章多次发表于Science、Cancer Cell、Nature Plants、Nature Metabolism以及Plant Cell等期刊。 { 往 期 精 彩 回 顾 } 精选合集,欢迎收藏哟! |