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转录组高分合作项目文章盘点随着测序成本的下降，转录组测序已经逐步成为分子生物学实验的标配，上期推文我们介绍了《转录组研究全攻略——实验设计、结果挖掘、验证》，本期为大家盘点部分高分转录组合作项目文章，研究物种涉及人、动物、植物及真菌等，欢迎有测序意向的老师随时与我们联系。 项目文章一：靶向软骨的氧化铈纳米颗粒减轻骨关节炎中的氧化应激和软骨损伤
本文研究了靶向软骨的氧化铈纳米颗粒（WY-PEG-CeO）对骨关节炎（OA）的治疗作用及其机制。研究团队通过体外实验和动物模型，评估了WY-PEG-CeO对软骨细胞氧化应激、细胞衰老和细胞外基质降解的影响，并发现其通过抑制PI3K/AKT和MAPK信号通路发挥保护作用。此外，文章利用转录组测序（RNA-seq）分析了WY-PEG-CeO处理后软骨细胞的基因表达变化，揭示了其在调控细胞外基质相关基因和信号通路中的作用，为理解其治疗机制提供了分子层面的证据。这些发现为基于氧化铈纳米颗粒的骨关节炎治疗策略提供了理论基础和实验支持。
图1.RNA-seq揭示了WY-PEG-CeO对软骨细胞的潜在调控机制 项目文章二：TGM2介导的组蛋白血清素化（H3Q5ser）通过MYC信号通路促进肝细胞癌的进展
本研究主要探讨了转谷氨酰胺酶2（TGM2）介导的组蛋白血清素化修饰（H3Q5ser）在肝细胞癌（HCC）进展中的作用及其潜在机制。研究发现，TGM2在HCC组织中的表达水平与肿瘤的恶性程度呈正相关，且TGM2介导的H3Q5ser修饰通过激活MYC信号通路促进了HCC的进展。通过CUT&Tag和RNA-seq测序分析，研究揭示了TGM2介导的H3Q5ser修饰在全基因组范围内的分布，并发现其与MYC靶基因的表达密切相关。此外，研究还发现TRIM28蛋白能够介导TGM2与MYC的结合，从而促进H3Q5ser修饰在MYC靶基因上的富集。最后，通过靶向TGM2的转谷氨酰胺酶活性，研究成功抑制了HCC的进展，并与索拉非尼联合使用表现出协同抗肿瘤效果。
图2.H3Q5ser修饰增强MYC靶基因的转录 项目文章三：USP28在糖尿病心脏中抑制线粒体形态功能缺陷和心脏功能障碍的关键作用
本研究通过构建糖尿病小鼠模型和体外细胞模型，探讨了USP28（去泛素化酶）在糖尿病心脏病变中的作用及其潜在机制。研究发现，糖尿病心脏中USP28表达显著下调，而恢复USP28表达可改善糖尿病引起的心脏功能障碍和线粒体缺陷。转录组分析揭示了USP28通过调节PPARα-Mfn2轴，促进线粒体融合相关基因的表达，从而改善线粒体功能和心脏代谢。这些发现为糖尿病心肌病的治疗提供了新的靶点和策略。
图3.USP28在糖尿病心脏中的表达显著下调，并与糖尿病心肌病的进展相关 项目文章四：水稻负向调控因子OsWD40–193与OseEF1A1的互作抑制水稻对Hirschmanniella mucronata感染的抗性
本研究通过基因功能验证、蛋白互作分析和转录组分析，揭示了水稻负向调控因子OsWD40–193和OseEF1A1在水稻抗Hirschmanniella mucronata感染中的作用机制。转录组分析发现，OseEF1A1的缺失显著上调了与水杨酸（SA）、茉莉酸（JA）和脱落酸（ABA）信号通路相关的防御基因表达，增强了水稻的抗性，为通过基因编辑负向调控因子培育抗线虫水稻品种提供了潜在靶点。
图4.转录组分析发现OseEF1A1的缺失显著上调了与SA、JA、ABA信号通路相关的防御基因表达 项目文章五：丢失附属染色体使一种致病性树根真菌转变为共生内生菌
本研究通过比较Stagonosporopsis rhizophilae两个菌株（16B和16W）的基因组，发现16W中存在一个约0.6 Mb的水平获得的附属染色体（AC），该染色体使其表现出对植物的轻度寄生性。通过删除AC（得到∆16W菌株），真菌的表型发生了显著变化，包括形态更接近16B、黑色素化增强，并与杨树建立有益的共生关系，转变为暗色隔膜内生菌。转录组分析显示，AC的丢失诱导了与根际定殖、吲哚乙酸和黑色素生物合成相关基因的上调表达。此外，研究还发现AC的丢失导致全基因组染色质开放状态的显著变化，可能增强了共生有效性。通过在小麦、拟南芥和无维管植物地钱上的实验，研究进一步证实了这种共生能力的非宿主特异性。本研究揭示了附属染色体在植物-真菌共生关系中的潜在调控机制，并为理解共生与寄生转变提供了新的见解。
图5.AC调节与PCWDEs相关的真菌基因表达、植物免疫调节以及IAA和黑色素的生物合成 以上盘点的高分转录组合作项目文章涵盖了多个物种和研究领域，充分展现了转录组测序技术在不同研究领域的广泛应用和强大助力。如有相关技术需求，欢迎联系我们。祝大家科研顺利，发文就发CNS~
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