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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000平方米,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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组蛋白乳酸化调控拼图再添关键碎片,乳酸化调控蛋白汇总2.0

去年,我们分享过一篇文章《组蛋白乳酸化 | 调控蛋白Writers、Erasers和Readers》,汇总了当时大热的组蛋白乳酸化相关的调控蛋白。时隔大半年,组蛋白乳酸化相关的调控蛋白又有不少新的发现,我们续上新的总结。

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组蛋白乳酸化调控流程[9]

乳酸通过乳酸化修饰调控基因表达的机制包含4个关键部分:

a.乳酸生成并与辅酶A结合形成乳酰辅酶A(Lactyl-CoA),这一过程的酶过去尚未明确;

b."Writer"蛋白添加乳酸化修饰:在细胞核内,乳酰辅酶A(CoA-Lac)作为乳酰基的供体,通过"Writer"蛋白(可能是特定的酶,如乳酰转移酶)将乳酰基(Lac)添加到组蛋白赖氨酸残基的特定位置上。

c."Reader"蛋白识别乳酸化修饰:Readers是能够识别和结合特定修饰基团的蛋白,从而调控基因表达和其他细胞过程。

d."Eraser"蛋白移除乳酰化修饰:当需要关闭基因表达或恢复染色质结构时,"Eraser"蛋白移除赖氨酸上的乳酰化修饰。这种去乳酰化修饰(De-lactylation)使染色质恢复紧密结构,抑制RNA聚合酶的招募,从而减少基因转录和下游基因表达。

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组蛋白乳酸化调控蛋白汇总

  • Writer

关于组蛋白乳酸化的writer,此前汇总过的有p300、GCN5、HBO1。24年11月底,浙江大学医学院研究团队发表一篇报道,研究发现KAT2A是组蛋白乳酸转移酶,调控肿瘤免疫逃避[1]。另有一份肾脏衰老的研究中发现了酰基转移酶KAT5参与组蛋白乳酸化[2]。近期,一篇皮肤衰老的研究发现乳酸通过MCT1进入巨噬细胞,乳酸化修饰酶KAT5和KAT8协同促进乳酸刺激的巨噬细胞中组蛋白H4在赖氨酸残基12(H4K12la)的乳酸化修饰[3]

  • Eraser

关于组蛋白乳酸化的去修饰酶,目前报道的有HDAC1-3、HDAC8和SIRT1-3(此前文章汇总过,暂未发现新的)。

  • Reader

组蛋白乳酸化的阅读蛋白Reader,24年一篇诱导多能干细胞(iPSCs)重编程的研究首次揭示了Brg1与H3K18la的结合,表明其作为组蛋白乳酸化修饰的“阅读器”的作用[4]。紧接着,在24年12月,一篇研究宫颈癌的研究发现了一个新的阅读蛋白。研究观察到宫颈癌(CC)细胞通过代谢重编程导致乳酸积累,从而促进组蛋白乳酸化,特别是H3K14la。通过使用多价光亲和探针结合定量蛋白质组学方法,研究鉴定出DPF2作为H3K14la的候选靶标[5]。差不多同时期,有研究在28种人源溴结构域蛋白筛选(基于AlphaScreen),发现TRIM33是唯一能结合组蛋白Kla的蛋白,对H3K18la和H4K5/8/12la等位点表现出序列特异性[6]

  • 乳酰辅酶A合成酶

2024年底,两篇文章分别报道了乳酰辅酶A合成酶,均发表在Cell Meb上。2024年11月,浙江大学医学院研究团队发表研究揭示了ACSS2和KAT2A分别是迄今为止未鉴定的乳酰辅酶 A 合成酶和乳酰转移酶,以及ACSS2-KAT2A 偶联在基因表达和肿瘤发展中的重要性[7]

在2024年12月,中国科学院上海药物研究所研究团队发表研究鉴定了乳酰辅酶A合成酶GTPSCS,并揭示了GTPSCS/p300/H3K18la信号轴协同调控组蛋白H3K18la水平和GDF15表达,促进胶质瘤细胞增殖和放射耐药的表观遗传新机制[8]

如有其他组蛋白乳酸化调控蛋白遗漏,欢迎补充。

市场部小助理微信  6.png

项目咨询

ChIP-seq简介


爱基百客王牌产品


ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀和二代测序技术结合,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,可用于组蛋白修饰、RNA聚合酶、转录因子和辅因子以及G4链体(G4)等方面的研究,技术成熟稳定。爱基百客ChIP-seq可提供:

01

ChIP-seq测序分析


Peak分析:Peak注释和分布分析,Peak关联基因的GO、KEGG的注释和富集分析,转录因子和Motif分析等。

多样本差异分析:差异Peak分布情况统计,差异Peak关联基因GO、KEGG功能注释与富集,转录因子预测,Motif预测等。

02

后续验证


·  ChIP-qPCR

分析组蛋白修饰/转录因子与染色质区域的结合情况,揭示染色质状态和基因表达调控之间的关系,真实反映结合特性。

·  EMSA

基于DNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)中的迁移率不同,检测活化的与DNA结合的蛋白转录或调节因子。

·  双荧光素酶报告实验

检测转录因子与靶启动子的特异结合。

03

ChIP-seq+转录组关联分析


ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究

·  DNA结合蛋白和基因表达调控:

通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。

·  组蛋白修饰和基因表达:

ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录组数据可以了解这些修饰对基因表达的影响。

04

爱基百客ChIP-seq三大优势


·  优势一:

项目经验丰富,研究物种200+种,累计实验2000余次。全面覆盖医口和农口等不同样本,不惧特殊样本(如脂肪组织、高淀粉组织和真菌类),抗体经验也极其丰富(多种组蛋白修饰、转录因子、标签抗体以及p300和RNApol II等均有涉及);

·  优势二:

提供前期实验设计、测序、分析以及后期验证(ChIP-qPCR、双荧光素酶)一站式服务;

·  优势三:

项目文章多次发表于Science、Cancer Cell、Nature Plants、Nature Metabolism以及Plant Cell等期刊


ChIP CUTxTag 技术教程.png

CUT&Tag产品介绍


CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法,该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头,经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库,随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。

产品优势:

1. 无需甲醛交联,样本要求量低,背景干净,可重复性好;

2. 提供从方案设计,建库测序,到数据分析和验证一站式服务;

3. 云平台,多组学联合分析深度挖掘数据;

4. 项目经验丰富:

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·  实测数据

1. 抽核结果

提供“单细胞测序”标准的抽核解决方案。

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2. CUT&Tag酶切片段分布

转录因子/组蛋白修饰的酶切片段分布呈现周期性。

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3.reads密度分布图

reads在TSS附近呈现明显的富集。

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4.功能元件分布图

Peak在基因功能元件上分布。

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5.Peak可视化

640 (5).png

2024.10.28产品总览.png

  • 参考文献

【1】Zhu R, Ye X, Lu X, et al. ACSS2 acts as a lactyl-CoA synthetase and couples KAT2A to function as a lactyltransferase for histone lactylation and tumor immune evasion[J]. Cell Metabolism, 2025, 37(2): 361-376. e7.

【2】Chen J, He J, Wang X, et al. Glis1 inhibits RTEC cellular senescence and renal fibrosis by downregulating histone lactylation in DKD[J]. Life Sciences, 2025, 361: 123293.

【3】Zou Y, Cao M, Tai M, et al. A Feedback Loop Driven by H4K12 Lactylation and HDAC3 in Macrophages Regulates Lactate‐Induced Collagen Synthesis in Fibroblasts Via the TGF‐β Signaling[J]. Advanced Science, 2025: 2411408.

【4】Hu X, Huang X, Yang Y, et al. Dux activates metabolism-lactylation-MET network during early iPSC reprogramming with Brg1 as the histone lactylation reader[J]. Nucleic acids research, 2024, 52(10): 5529-5548.

【5】Zhai G, Niu Z, Jiang Z, et al. DPF2 reads histone lactylation to drive transcription and tumorigenesis[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, 121(50): e2421496121.

【6】Nuñez R, Sidlowski P F W, Steen E A, et al. The TRIM33 Bromodomain Recognizes Histone Lysine Lactylation[J]. ACS Chemical Biology, 2024, 19(12): 2418-2428.

【7】Zhu R, Ye X, Lu X, et al. ACSS2 acts as a lactyl-CoA synthetase and couples KAT2A to function as a lactyltransferase for histone lactylation and tumor immune evasion[J]. Cell Metabolism, 2025, 37(2): 361-376. e7.

【8】Liu R, Ren X, Park Y E, et al. Nuclear GTPSCS functions as a lactyl-CoA synthetase to promote histone lactylation and gliomagenesis[J]. Cell Metabolism, 2025, 37(2): 377-394. e9

【9】Yu X, Yang J, Xu J, et al. Histone lactylation: from tumor lactate metabolism to epigenetic regulation[J]. International journal of biological sciences, 2024, 20(5): 1833.

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