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群体遗传分析中如何绘制带有分组圆环的进化树
2.1绘制带有分组圆环的进化树 2.2 参数设置 2.3 任务查看 2.4 结果 2.4.1 进化树 2.4.2 分支分组表格 在群体遗传分析中，绘制带有分组圆环的进化树可以直观地展示不同群体或亚群之间的遗传关系。通常情况下，我们可以通过分支划分算法将群体样本分成若干个组别，并将这些组按照一定的方式进行展示，结合样本的遗传背景，进而分析出群体的特点，此时一张清晰漂亮的进化树就应运而生，为文章的分析增砖加彩。 常用的在线工具有iTOL和EvolView，但都需要进行复杂的配置、繁琐的调整才能达到预期。爱基百客云平台提供在线绘图小工具，一键就能出图，方便快捷。下面我们一起来学习一下吧。 首先，打开爱基百客官网：http://www.igenebook.com；点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。
弹出云平台界面（下图），输入账号、密码和验证码方可登录；进入云平台，可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化，实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”！
登陆后，如下图，我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了32款小工具供大家使用，包括基础绘图，高级绘图，差异检验，聚类分析，序列处理等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。
在群体遗传学中，进化树（Phylogenetic Tree）是研究群体遗传结构、群体分化和进化历史的重要工具。它展示了不同个体或群体之间的遗传关系，帮助我们理解物种或亚种的分化过程、迁移历史以及自然选择的影响。 进化树（系统发育树）是一种分支图，表示不同样本（个体、群体或物种）之间的进化关系。常见的类型包括： 邻接树（Neighbor-Joining, NJ）：基于遗传距离的快速构建方法，适用于初步分析。 最大似然树（Maximum Likelihood, ML）：基于统计模型，计算最优树。 贝叶斯推断树（Bayesian Inference, BI）：基于后验概率，计算可信度较高的树。 你可基于自己构建的各种进化树进行可视化。 爱基百客云平台高级进化树可视化地址：http://182.61.3.169:5000/smalltools/detail?id=1674671952486219777。 下面我们进行带有分组环进化树可视化实操练习。 首先点击小工具高级进化树
右侧的工具介绍对高级进化树小工具的主要用途，使用方法以及结果解读做了详细的说明。 左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。 小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时，该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义，后面将详细介绍。输出名自定义，默认result。
输入文件：支持常用的树形文件格式，包括 nwk, phy 以及 nxs 等。 以nwk为例，如下表所示：
如果文件已经上传过，您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定，无须再次上传。 分组圆环组数K是期望的分组数，这里的组数是根据树的树枝得到的，所以需要挑选一个合适的K值。配色板输入的是颜色组合用下划线分隔，输出名自定义。 填写好上述所有的参数后，点击提交即可一键出图。 您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询，找到需要的任务。 如下图：当状态成功时，表示任务成功结束。
点击下载按钮可直接打包下载全部结果。点击查看按钮可在线查看结果。
您可在在线查看结果后选择是否下载保存。另外如果结果较多时，结果展示区还可通过点击左侧或右侧的箭头进行图片切换。您可挑选自己感兴趣的结果图片进行下载保存。
输出结果包含pdf格式和png格式的进化树以及其对应的分组表格。
也可根据自己的喜好换个配色试试，通过修改配色板参数即可实现。注意配色板的颜色数需与分组数K一致。
分支分组表格如下表所示：
该表格是根据树的分支对样本进行分组的结果。 武汉爱基百客生物科技有限公司（简称爱基百客）是一家专注于表观组学、单细胞时空组学和高通量测序分析服务的新型生物科技企业。公司办公面积逾3000m2，员工已达到百余人，业务覆盖全国，核心团队来自国内知名高校和基因测序公司。公司先后引入ChIP、ATAC-seq、CUT&Tag、单细胞（进口、国产多平台）、DNBSEQ-T7和STOmics时空组学等实验平台，同时配备MGISP-960和AlphaTool等自动化设备。 运营至今合作科研客户超2000家，涵盖国内知名科研院所、高校及相关企业。合作科研成果曾多次发表在Science、Cancer Cell、Circulation、Nature Communications和Plant Cell等国际高水平学术期刊上，受到了客户广受好评，成为国内成长最迅速的多组学科研服务企业之一。爱基百客秉持服务客户的宗旨，诚邀八方之客，携手共绘全息生命图谱，共解生命百科全书。
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