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云平台 | What? 零代码绘制三元图,快来收藏这份教程云平台小工具使用-科研常用绘图之三元图
2.1 绘制三元图 2.2 参数设置 2.3 任务查看 2.4 结果 三元图是一种由三个组分构成,且三个组分的值之和恒为定值的图形,三元图中点的位置表示三个组分间的比例关系,可以表示三个变量的权重、相对重要性等。三元图(Ternary Plot)在生物学研究中是一种强大的可视化工具。 在微生物生态学中,三元图应用较为广泛,通常将三个顶点设置为不同的种类。样本点靠近某个顶点表示该门类微生物在该样本中占主导地位,而位于中心区域的样本则显示较为均衡的微生物组成。在全基因组重测序中,三元图可用于展示同义突变、非同义突变和缺失突变的相对比例。 三元图在生物学中应用广泛。爱基百客云平台提供在线绘图小工具,一键就能出图,方便快捷。下面我们一起来学习一下吧。 首先,打开爱基百客官网:http://www.igenebook.com;点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。
弹出云平台界面(下图),输入账号、密码和验证码方可登录;进入云平台,可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化,实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”!
登陆后,如下图,我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了33款小工具供大家使用,包括基础绘图,高级绘图,差异检验,聚类分析,序列处理等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。
三元图使用等边三角形表示三个变量的比例关系,每个顶点代表一个变量的100%,三条边分别对应两个变量的比例关系,任何一点在三角形内的位置表示三个变量的特定比例组合。 爱基百客云平台三元图可视化地址:http://182.61.3.169:5000/smalltools/detail?id=1679366206840127490 下面我们进行三元图可视化实操练习。 首先点击小工具三元图
右侧的工具介绍三元图小工具的主要用途,使用方法以及结果做了详细的说明。 左侧是必要的输入文件和参数选项。 任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。 小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时,该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义,后面将详细介绍。输出名自定义,默认result。
输入文件: 格式要求:数据与数据之间需用制表符(Tab键)分隔,第一行为表头信息,前三列对应三元相图的三个属性(必须提供),散点分组列可选填。示列数据如下表:
注: 如果文件已经上传过,您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定,无须再次上传。 可选择是否对散点进行分组,不分组则填写no,默认no。配色板输入的是颜色组合用下划线分隔,输出名自定义。 填写好上述所有的参数后,点击提交即可一键出图。 您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询,找到需要的任务。 如下图:当状态成功时,表示任务成功结束。
点击下载按钮可直接打包下载全部结果。点击查看按钮可在线查看结果。
您可在在线查看结果后选择是否下载保存。另外如果结果较多时,结果展示区还可通过点击左侧或右侧的箭头进行图片切换。您可挑选自己感兴趣的结果图片进行下载保存。
输出结果包含pdf格式和png格式的三元图。
也可根据自己的喜好换个配色试试,通过修改配色板参数即可实现。如使用”#fb0007_#139177_#ed9e08”。
关于我们 武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客)是一家专注于表观组学、单细胞时空组学和高通量测序分析服务的新型生物科技企业。公司办公面积逾3000m2,员工已达到百余人,业务覆盖全国,核心团队来自国内知名高校和基因测序公司。公司先后引入ChIP、ATAC-seq、CUT&Tag、单细胞(进口、国产多平台)、DNBSEQ-T7和STOmics时空组学等实验平台,同时配备MGISP-960和AlphaTool等自动化设备。 运营至今合作科研客户超2000家,涵盖国内知名科研院所、高校及相关企业。多项合作成果发表在Science、Cancer Cell、Circulation、Nature Communications和Plant Cell等国际顶级期刊,广受客户好评,成为国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。爱基百客将秉承服务至上的理念,发挥自身优势,期待与海内外科研学者精诚合作,共探生命百科全书。
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