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Tn5转座酶:基因组学研究的革命性工具在生命科学研究领域,有一种被称为"分子剪刀手"的酶正在改变着基因组学的研究方式——它就是Tn5转座酶。从最初被发现时的"跳跃基因"现象,到如今成为实验室不可或缺的"瑞士军刀",Tn5转座酶的发展历程堪称分子生物学工具改造的典范。 1940年代,遗传学家Barbara McClintock在研究玉米时首次发现了"转座子"现象——某些DNA片段可以在基因组中"跳跃"。这一革命性发现让她获得了1983年诺贝尔生理学或医学奖。转座酶作为介导这一过程的关键酶类,主要分为两类:
其中,源自大肠杆菌的Tn5转座酶因其独特的特性引起了科学家的特别关注。 科学家们对天然Tn5转座酶进行了精妙的工程改造: 这些改造使Tn5从一种自然现象转变为可控的分子工具。
图2. Tn5作用于DNA序列 Tn5转座酶最核心的创新在于其"Tagmentation"技术(片段化+标签化),这一技术将传统测序文库制备中繁琐的多步操作简化为一步完成:
这种创新不仅大大提高了效率,还将所需DNA量降低到纳克甚至皮克级别,为微量样本研究开辟了新途径。 Tn5显著简化了全基因组测序(WGS)、靶向测序、扩增子测序等各种NGS文库的构建。相较于传统的超声破碎或酶切片段化后进行多步连接的方法,Tn5的一步法文库制备流程更快、更高效,尤其适用于处理微量或珍贵的DNA样本。
图3. Tn5建库基本流程 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing)是Tn5转座酶最具代表性的应用之一。在ATAC-seq中,Tn5转座酶被巧妙地利用:它能够优先插入到这些开放染色质区域(open chromatin regions),而难以插入被核小体或DNA结合蛋白紧密占据的区域。通过对Tn5插入位点进行测序,研究人员可以高分辨率地绘制出全基因组的染色质可及性图谱,从而识别出潜在的启动子、增强子、绝缘子等基因调控元件,深入理解基因表达调控机制。
图4. ATAC-seq技术原理 随着单细胞组学技术的兴起,Tn5转座酶在单细胞ATAC-seq (scATAC-seq) 中发挥了不可替代的核心作用。它能够在nL甚至pL级的微反应体系中,对单个细胞中极微量的DNA进行高效的片段化与接头连接。这使得研究人员能够在单细胞分辨率上,揭示细胞类型特异性的染色质可及性、追踪细胞发育轨迹、解析肿瘤微环境中的细胞异质性,并识别稀有细胞群体的独特表观基因组特征。
图5. scATAC-seq技术原理 CUT&Tag是一种高效的表观遗传学方法,用于研究蛋白质-DNA相互作用。该技术利用融合了蛋白A/G的Tn5转座酶(proteinA/G-Tn5),通过抗体将proteinA/G-Tn5招募到目标蛋白结合的染色质区域。一旦被招募,proteinA/G-Tn5在局部进行DNA双链切割,并将测序接头插入切割位点。这种靶向性的Tagmentation,使得CUT&Tag能够以极低的细胞输入量实现高分辨率、高信噪比的表观基因组图谱绘制,成为了继ChIP-seq的另外一种蛋白质-DNA互作技术的选择,极大简化了实验流程并提高了效率。
图6. CUT&Tag技术原理 随着单细胞技术和空间组学的发展,Tn5转座酶的应用前景更加广阔。在以下领域尤其值得期待: 从基础研究到临床应用,Tn5转座酶正在持续推动生命科学研究的边界扩展。这个小小的分子工具,或许还将为我们带来更多惊喜。如有相关技术咨询(ATAC-seq,CUT&Tag,单细胞ATAC-seq,单细胞CUT&Tag),欢迎联系我们~
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