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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,办公面积逾3000平方米,是一家专业提供单细胞与空间组学测序分析、表观组学科研服务和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。

公司旨在为客户提供最专业的科研服务,运营至今合作的科研客户近千家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,运营至今销售额超1亿元,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

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云平台 | 零代码绘制桑基图

爱基百客云平台关系网络可视化之桑基图

1. 云平台小工具使用

  • 1.1 云平台关系网络可视化之桑基图

  • 1.2 参数设置

  • 1.3 任务查看

  • 1.4  结果

1.4.1 图片格式

1.4.2 交互网页格式

 1  
爱基百客云平台小工具使用

首先,打开爱基百客官网:http://www.igenebook.com;点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。

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弹出云平台界面(下图),输入账号、密码和验证码方可登录;进入云平台,可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化,实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”!

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登陆后,如下图,我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了33款小工具供大家使用,包括基础绘图、高级绘图、差异检验、聚类分析和序列处理等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。

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1.1 
云平台关系网络可视化之桑基图

关系网络图(也称为节点链接图)常用于显示事物之间通过链接形成的网络关系。其主要组成元素包括节点和边。可通过节点的颜色大小和形状反映某一事物的属性,而边的粗细和颜色则反应网络中的互作关系强度、类型等。桑基图可算得上关系网络图的一个变种。

桑基图也是通过节点和连线(流)反映事物的动态变化趋势和特征。桑基图(Sankey diagram)具有以下几个特点:

  • 直观表达流量:桑基图通过宽度可视化显示了从一个状态到另一个状态的流动,使得观察者能够直观地理解流量的来源、去向和数量。

  • 多变量关系展示:桑基图可以同时展示多个变量之间的关系,例如不同类别、群组或因素之间的流动情况。这种多变量的可视化帮助我们发现模式、趋势和连接性。

  • 层次结构清晰:桑基图可以用于展示层次结构中元素之间的流动,例如组织结构中的成员流动、能源系统中的能量流动等。这有助于理解复杂系统的组成和相互作用。

在生物学富集分析中,桑基图能反映基因列表与富集到的功能术语(如GO、KEGG通路) 之间的多对多关系及其定量属性。

下面我们进行桑基图可视化实操练习。

首先点击小工具桑基图

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右侧的工具介绍对桑基图小工具的主要用途,使用方法以及结果解读做了详细的说明。 左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。 小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时,该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义,后面将详细介绍。输出名自定义,默认Result。

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1.2 
参数设置

输入文件:支持txt(制表符分隔)文本文件,以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

输入文件为包含source、target 以及互作统计值的表格。如下表所示:

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如果文件已经上传过,您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定,无须再次上传。输出名默认是result。

填写好上述所有的参数后,一键提交即可。

1.3 
任务查看

您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询,找到需要的任务。 如下图:当状态成功时,表示任务成功结束。

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点击下载按钮可直接打包下载全部结果。点击查看按钮可在线查看结果。

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您可在在线查看结果后选择是否下载保存。另外如果结果较多时,结果展示区还可通过点击左侧或右侧的箭头进行图片切换。您可挑选自己感兴趣的结果图片进行下载保存。

1.4 
结果

输出结果包含交互式可调整动态html文件和pdf格式以及png格式的桑基图。

1.4.1 图片格式

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1.4.2 交互式网页格式

可随鼠标选定,展示具体数据等操作。

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IGENEBOOK
 关于我们 

武汉爱基百客生物科技有限公司(简称:爱基百客,IGENEBOOK)是一家专注于表观组学、单细胞时空组学和高通量测序分析服务的新型生物科技企业。公司办公面积逾3000m2,员工已达到百余人,业务覆盖全国,核心团队来自国内知名高校和基因测序公司。公司先后引入ChIP、ATAC-seq、CUT&Tag、单细胞(进口、国产多平台)、DNBSEQ-T7和STOmics时空组学等实验平台,同时配备MGISP-960和AlphaTool等自动化设备。

运营至今合作科研客户超5000家,涵盖国内知名科研院所、高校及相关企业。多项合作成果发表在Science、Cancer Cell、Circulation、Nature CommunicationsPlant Cell等国际顶级期刊,广受客户好评,成为国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。爱基百客将秉承服务至上的理念,发挥自身优势,期待与海内外科研学者精诚合作,共探生命百科全书。

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