NEWS
新闻资讯
|
云平台 | 零代码绘制桑基图爱基百客云平台关系网络可视化之桑基图 1. 云平台小工具使用
1.4.1 图片格式 1.4.2 交互网页格式 首先,打开爱基百客官网:http://www.igenebook.com;点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。
弹出云平台界面(下图),输入账号、密码和验证码方可登录;进入云平台,可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化,实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”!
登陆后,如下图,我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了33款小工具供大家使用,包括基础绘图、高级绘图、差异检验、聚类分析和序列处理等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。
关系网络图(也称为节点链接图)常用于显示事物之间通过链接形成的网络关系。其主要组成元素包括节点和边。可通过节点的颜色大小和形状反映某一事物的属性,而边的粗细和颜色则反应网络中的互作关系强度、类型等。桑基图可算得上关系网络图的一个变种。 桑基图也是通过节点和连线(流)反映事物的动态变化趋势和特征。桑基图(Sankey diagram)具有以下几个特点:
在生物学富集分析中,桑基图能反映基因列表与富集到的功能术语(如GO、KEGG通路) 之间的多对多关系及其定量属性。 下面我们进行桑基图可视化实操练习。 首先点击小工具桑基图
右侧的工具介绍对桑基图小工具的主要用途,使用方法以及结果解读做了详细的说明。 左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。 小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时,该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义,后面将详细介绍。输出名自定义,默认Result。
输入文件:支持txt(制表符分隔)文本文件,以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。 输入文件为包含source、target 以及互作统计值的表格。如下表所示:
如果文件已经上传过,您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定,无须再次上传。输出名默认是result。 填写好上述所有的参数后,一键提交即可。 您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询,找到需要的任务。 如下图:当状态成功时,表示任务成功结束。
点击下载按钮可直接打包下载全部结果。点击查看按钮可在线查看结果。
您可在在线查看结果后选择是否下载保存。另外如果结果较多时,结果展示区还可通过点击左侧或右侧的箭头进行图片切换。您可挑选自己感兴趣的结果图片进行下载保存。 输出结果包含交互式可调整动态html文件和pdf格式以及png格式的桑基图。 1.4.1 图片格式
1.4.2 交互式网页格式可随鼠标选定,展示具体数据等操作。
武汉爱基百客生物科技有限公司(简称:爱基百客,IGENEBOOK)是一家专注于表观组学、单细胞时空组学和高通量测序分析服务的新型生物科技企业。公司办公面积逾3000m2,员工已达到百余人,业务覆盖全国,核心团队来自国内知名高校和基因测序公司。公司先后引入ChIP、ATAC-seq、CUT&Tag、单细胞(进口、国产多平台)、DNBSEQ-T7和STOmics时空组学等实验平台,同时配备MGISP-960和AlphaTool等自动化设备。 运营至今合作科研客户超5000家,涵盖国内知名科研院所、高校及相关企业。多项合作成果发表在Science、Cancer Cell、Circulation、Nature Communications和Plant Cell等国际顶级期刊,广受客户好评,成为国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。爱基百客将秉承服务至上的理念,发挥自身优势,期待与海内外科研学者精诚合作,共探生命百科全书。
项目咨询 了 解 更 多 { 往 期 精 彩 回 顾 } 精选合集,欢迎收藏哟!
|












