SSR分子标记，让基因多态性“一眼可见”！

分子标记是以个体间遗传物质即核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接反映。随着分子生物学的发展，丰富的分子标记不断被发现，先后出现了以RFLP，SSR，SNP为代表的三代DNA分子标记,为遗传研究和育种提供了有力工具。

其中简单重复序列（SSR，又称微卫星）和单核苷酸多态性（SNPs）已成为研究生物群体遗传变异最常用的分子标记，广泛应用于种质资源遗传多样性分析、目标性状基因定位、抗性育种、品种纯度及品质鉴定等领域。本文将重点介绍SSR分子标记技术。

微卫星标记(Microsatellite)，又称简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR），或短串联重复序列（Short Tandem Repeats,STR），是广泛分布于真核生物基因组中的简单重复序列，通常由2～6个核苷酸单元串联组成，序列长度一般在200bp以内。

 SSR标记通过直接分析DNA序列的多态性，揭示生物个体在核苷酸层面的差异及其遗传规律，是一种高效、稳定的分子标记技术。

SSR序列两端侧翼（flanking）区域高度保守，在同一物种内基本保持一致，因此可设计特异性引物，通过PCR扩增不同重复次数的SSR位点。扩增产物经电泳分离后，根据片段大小差异判断个体间的遗传差异，进而用于遗传分析和图谱构建。

在SSR标记研究中，引物设计是关键环节，主要有三种方法：

引物的设计原则如下：

1）第一部分：引物初筛

客户提供：组织样本或DNA、SSR引物序列/引物

推荐样本：建议选取父本+母本+6-10个子代样本

交付内容：实验报告、胶图

2）第二部分：毛细管电泳

将筛选出条带清晰多态性好的引物，合成荧光引物，不同的引物用不同颜色荧光表示，将荧光引物对所有子代样本分别进行PCR 扩增，毛细管电泳（ABI3730）对扩增产物进行检测。

需要信息：样品或DNA、SSR引物序列

交付结果：GeneMarker跑板数据，峰图，结题报告

获得SSR数据后，可进一步开展以下分析：

• 聚类分析结果

• 遗传结构的分析

• 品种亲缘关系的鉴定

• 分子身份证分析

• 遗传图谱的构建及QTL定位

[1] Xing W, Liao J, Cai M, et al. De novo assembly of transcriptome from Rhododendron latoucheae Franch. using Illumina sequencing and development of new EST-SSR markers for genetic diversity analysis in Rhododendron[J]. Tree Genetics & Genomes, 2017, 13: 53. DOI:10.1007/s11295-017-1135-y.

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• 经验丰富：专业分子标记团队，项目案例丰富；

• 高通量：单轮检测仅需十几分钟，日处理量可达5000个反应；

• 结果精准：配备专业分析软件，数据可视化、结果清晰；

• 高分辨率：可区分仅1个碱基差异的扩增产物

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