收藏级！搞定单细胞注释：人/小鼠CD45+免疫细胞Marker全览 | 单细胞标记专题

在单细胞分析中，注释的准确性往往是决定分析深度的关键。目前常用的注释方法，除了基于FindAllMarkers得到的Top基因进行功能定义外，也常常借助组织特异性标记基因绘制气泡图，从而辅助完成细胞类型的人工注释。

为助力从事单细胞研究的老师们实现更精准的细胞注释，爱基百客即将推出全新系列专栏《人/小鼠单细胞注释标记基因指南》。本系列不定期更新，主要目的在于整理人源及小鼠不同组织中较为公认的细胞类型标记基因，内容基于小编梳理与相关文献总结。我们深知细胞注释的复杂性与前沿研究的动态变化，如有疏漏或不妥之处，真诚欢迎各位老师在评论区留言指正！让我们携手同行，一起探索单细胞世界的星辰大海。

本文系统梳理了CD45+常见免疫细胞的经典标记物，涵盖T细胞、B细胞、NK细胞、单核/巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞及肥大细胞等核心亚群。需要特别强调的是，许多免疫细胞具有显著的组织特异性特征——例如肝脏驻留的库普弗细胞（Kupffer Cells）、中枢神经系统的小胶质细胞（Microglia）、肺部的肺泡巨噬细胞（Alveolar Macrophages）等，其表型与循环或炎症诱导的髓系细胞存在本质差异。因此，在实际应用中，具体标记基因的选择需紧密结合组织来源与微环境背景进行综合分析，避免简单套用通用标记导致细胞类型误判。

由于单核细胞是巨噬细胞的前体细胞，且两者在多种组织微环境或实验处理条件下常连续分布、表型重叠，区分界限较为模糊。因此，在相关分析中可视具体情况将Monocyte/Macrophage汇总表述，以更准确地反映这一动态连续的细胞谱系。

经典单核细胞（CD14⁺⁺CD16⁻）：CD14，FCN1，VCAN，S100A8，CCR2，FCGR1A（CD64）

中间单核细胞（CD14⁺CD16⁺）：CD14（低于经典），FCGR3A（CD16），HLA-DRA，CCR5

非经典单核细胞（CD14⁻CD16⁺）：FCGR3A，CX3CR1，CDKN1C，LILRB2

经典单核细胞：Ly6c++ Cx3cr1- Ccr2+

非经典单核细胞：Ly6c- Cx3cr1+Ccr2-

肿瘤相关巨噬细胞TAMs：LYVE1、SPP1、APOE、TREM2、FABP5、C1QA、C1QB、C1QC、CD9。

促血管生成TAMs：高表达SPP1、APOE、TREM2。

抗炎/稳态TAMs：表达MRC1（CD206）、CD163、MAFB。

肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）：Lyve1、Spp1、Apoe、Trem2、C1qa，C1qb，C1qc、Fabp5、Cd9

** 组织特异性巨噬细胞标记 **

N1亚群（经典/保守中性粒细胞）：S100A8、S100A9、MMP8、MMP9、CSF3R

N2亚群（I型干扰素应答）：IFIT1、IRF7、RSAD2

N5亚群（肿瘤特异性中性粒细胞）：CCL3、CSF1、CSTB、CTSB，IRAK2

N1亚群（经典/保守中性粒细胞）：S100a8、S100a9、Mmp8、Mmp9、Csf3r

N2亚群（I型干扰素应答）：Ifit1、Irf7、Rsad2

N5亚群（肿瘤特异性中性粒细胞）：Ccl3、Csf1、Cstb、Ctsb

CD56^bright：高表达CD56，低表达CD16，主要产生细胞因子（免疫调节）

CD56^dim：低表达CD56，高表达CD16（FCGR3A），主要发挥细胞毒作用（杀伤功能）

◆  人：共同表达HLA-DRA,HLA-DPB1（pDCs静息时表达较低）

◆  小鼠：H2-Aa，H2-Ab1（所有抗原呈递分子共有α链，最稳定标志）

【参考文献】

【1】.Zilionis R, Engblom C, Pfirschke C, Savova V, Zemmour D, Saatcioglu HD, Krishnan I, Maroni G, Meyerovitz CV, Kerwin CM, Choi S, Richards WG, De Rienzo A, Tenen DG, Bueno R, Levantini E, Pittet MJ, Klein AM. Single-Cell Transcriptomics of Human and Mouse Lung Cancers Reveals Conserved Myeloid Populations across Individuals and Species. Immunity. 2019 May 21;50(5):1317-1334.e10. doi: 10.1016/j.immuni.2019.03.009. Epub 2019 Apr 9. PMID: 30979687; PMCID: PMC6620049.

【2】.Qian H, Wang W, Pan J, Zhao M, Gao L, Zeng J, Gong H, Zhangyuan G, Li Z, Zhang M, Shen X, Weng Y, Deng X, Huang Y. Comprehensive single-cell analysis reveals mast cells' roles in cancer immunity. Oncogene. 2025 Nov;44(45):4427-4439. doi: 10.1038/s41388-025-03590-y. Epub 2025 Oct 10. PMID: 41073552.

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