不用Cytoscape，轻松绘制好看的网络图 | 云平台

1  爱基百客云平台小工具使用

首先，打开爱基百客官网：http://www.igenebook.com；点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。

弹出云平台界面（下图），输入账号、密码和验证码方可登录；进入云平台，可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化，实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”！

登陆后，如下图，我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了37款小工具供大家使用，包括基础绘图、高级绘图、差异检验、聚类分析和序列处理等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。

1.1 爱基百客云平台网络图之hub基因展示

网络图是以图论为基础的数据结构，用于表示生物实体（如基因、蛋白质、代谢物）之间的相互关系。在生物信息学中，网络图是分析复杂生物系统的核心工具。可通过节点的颜色大小和形状反映某一事物的属性，而边的粗细和颜色则反应网络中的互作关系强度，类型等。

在科学研究中，有时候我们需要展示特定的某些关键基因或者网络中的hub基因，通常会使用Cytoscape等windows可视化工具进行拖拉等繁琐处理,爱基百客云平台提供一键可视化功能的网络图，只需要输入关系网络的数据表格，可根据关注基因或蛋白，定制网络中需重点展示的中心节点和第二层节点。绘制出可解释性的高可用性的网络图。

爱基百客云平台网络图之hub基因可视化地址：http://182.61.3.169:5000/smalltools/detail?id=2014634376219910145。

下面我们进行网络图之hub基因可视化实操练习。

首先点击小工具网络图之hub基因

右侧的工具介绍对网络图之hub基因小工具的主要用途，使用方法以及结果解读做了详细的说明。 左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。 小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时，该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义，后面将详细介绍。输出名自定义，默认Result。

1.2 参数设置

输入文件：支持txt(制表符分隔)文本文件，以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

输入文件为包含source、target 的关系网络表格。如下表所示：

如果文件已经上传过，您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定，无须再次上传。输出名默认是result。输入参数包含中心节点以及第二层节点的核心基因/蛋白设置，同时可以设置节点的颜色。

填写好上述所有的参数后，一键提交即可。

1.3 任务查看

您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询，找到需要的任务。 如下图：当状态成功时，表示任务成功结束。

点击下载按钮可直接打包下载全部结果。点击查看按钮可在线查看结果。

您可在在线查看结果后选择是否下载保存。结果页面也展示了图片结果。

1.4  结果

输出结果包含pdf格式以及png格式的网络图。

通过调整节点颜色换个配色试试。如使用 “steelblue”。

关于爱基百客

武汉爱基百客生物科技有限公司（简称：爱基百客，IGENEBOOK）是一家专注于表观组学、单细胞时空组学和高通量测序分析服务的新型生物科技企业。公司办公面积逾3000m²，员工已达到百余人，业务覆盖全国，核心团队来自国内知名高校和基因测序公司。公司先后引入ChIP、ATAC-seq、CUT&Tag、单细胞（进口、国产多平台）、DNBSEQ-T7/T7+、SURFSeq 5000/Q和STOmics时空组学等平台，同时配备MGISP-960和AlphaTool等自动化设备。

运营至今合作科研客户超5000家，涵盖国内知名科研院所、高校及相关企业。多项合作成果发表在Science、Cell、Cancer Cell、Circulation、Nature Communications和Plant Cell等国际顶级期刊，广受客户好评，成为国内成长最迅速的多组学科研服务企业之一。爱基百客将秉承服务至上的理念，发挥自身优势，期待与海内外科研学者精诚合作，共探生命百科全书。