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实用干货 | 单细胞转录组常见问答：从送样到项目经验（一）单细胞转录组Q&A合集 单细胞转录组测序技术作为解析细胞异质性、挖掘细胞功能特征的核心手段，在生命科学研究、临床机制探索等领域应用愈发广泛。为助力科研工作者高效开展单细胞转录组实验，解决实验各阶段遇到的实操问题，特整理本合集，围绕送样建议、悬液解离、项目经验三大核心板块，对常见问题进行详细解答，为实验开展提供实操参考。 01 送样建议相关问题与解答 ◆ Q1：送样时样本量需要多少呢？ 答：
◆ Q2：样本如何保存和寄送？ 答：
◆ Q3：取样时需要注意什么？ 答：
02 悬液解离相关问题与解答 ◆ Q1：在制备细胞悬液时，若出现细胞活率偏低，结团率偏高，有核率偏低的情况，是否还可以继续上机实验？ 答： 单细胞悬液质检标准为细胞活率＞85%、细胞结团率＜20% 、有核率＞85%。实验中常出现悬液质检为风险情况，需结合具体实验材料来判定是否上机；在细胞活率70%、有核率70%、结团率30%左右的悬液质量下，我们已有多个成功的项目案例。 ◆ Q2：对于悬液质控结果为风险情况下，有什么优化方案呢？ 答： (1) 细胞活率低优化方法
(2) 细胞有核率低的优化方法
(3) 细胞结团率高的优化方法
◆ Q3：对于悬液质控结果为风险情况下，会有什么影响呢？ 答： (1) 细胞活率偏低会影响什么？ 细胞活率低会导致死细胞释放mRNA至背景中，导致 UMI分布曲线上有效细胞与非细胞界线不明显、基因检出数偏少，以及细胞捕获数异常。 (2) 有核率偏低会影响什么？ 有核率低一般指细胞中碎片过多，由于油包水过程对活细胞、死细胞、碎片、颗粒和红细胞等没有选择性，都会被随机包裹最终导致有效细胞判定不准，细胞捕获数及Fraction reads in cell异常。 (3) 结团率偏高会影响什么？ 结团率偏高会出现多个细胞被包在一个油包水中，被系统认为是一个细胞，最终分析结果中会导致双胞率偏高，基因检出数目虚高。过高的结团率（40%左右）可能会堵芯片，导致实验彻底失败。 ◆ Q4：细胞活率正常，但有核率偏低，可能是什么原因？ 答： 吖啶橙（AO）可穿透细胞膜进入有核细胞，使细胞核呈现绿色荧光；碘化丙啶（PI）仅能进入死细胞，将死细胞核染为红色荧光。细胞活率是基于活细胞与死细胞的荧光信号比例计算，细胞碎片无荧光信号，不计入活率统计。而有核率计算公式为：有核率=( FL1+ FL2 ) / 明场 * 100%（明场数值为颗粒总数；FL1 为活细胞数；FL2 为死细胞数），仪器会将无核的细胞碎片一并识别为颗粒并计入总数，导致计算公式中分母偏大，最终表现为有核率偏低。 03 项目经验相关问题与回答 ◆ Q1.能否提供公司的项目经验作为参考呢？ 爱基百客单细胞平台已成功完成几千例单细胞悬液解离(原生质体)或抽核项目，有着丰富的组织解离经验，以下为平台曾完成的部分人/鼠实体组织样本的实验数据参考： 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 项目咨询 添加图片注释，不超过 140 字（可选） 添加图片注释，不超过 140 字（可选） |
