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一起来学ChIP吧(三):做好ChIP-Seq也不难

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一起来学ChIP吧(三):做好ChIP-Seq也不难

发布日期:2018-09-27 作者: 点击:

    由于现在提供高通量测序的服务商很多,大家只需要把经ChIP富集得到的DNA样品纯化好交给测序公司就可以了。但是大家经常会遇到测序结果信号弱,背景高等令人头疼的问题,其实ChIP-Seq除了找一家专业的测序服务提供商以外,更重要的是如何获取更高质量的ChIP实验结果。


ChIP-Seq实验设计的关键主要有以下几个方面:


1. 抗体质量:一个灵敏度高和特异性高的抗体可以得到富集的DNA片段,这有利于探测结合位点。


2. 空白对照:空白对照是必要的,存在很多假阳性情况需要通过空白对照进行判断。一般来说有三种类型的空白对照:


(1) 部分进行免疫沉淀前的DNA(input DNA),这是常用的;


(2) 由免疫共沉淀得到而不含有抗体的DNA(mock IP DNA),使用这个的问题在于收集到的量可能不够;


(3) 使用非特异免疫共沉淀方法得到的DNA。

 

3. 测序深度:在发表的ChIP-Seq实验中,一般使用Illumina Genome Analyzer上的一个lane产生的数据作为一个基本单位,目前一个lane大概是8-15 million reads。判断足够的测序深度的标准是:当增加测序得到更多的reads时不能发现更多的东西。将这一标准应用到结合位点的数量上就是:进行测序,增加reads数而无法得到更多的结合位点。


4. Multiplexing:对于基因组比较小的物种(E.coli, C.elegans)来说,一个标准的illumina lane得到的数据太多了,仅仅测一个样本比较浪费,所以可以将多个样本加不同的adapter放在一起测。


本文网址:http://www.igenebook.com/news/370.html

关键词:基因表达调控,基因表达定量,表观组学技术服务

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