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新视角—基因组+转录组+ChIP=两篇文章(3+;6+)

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新视角—基因组+转录组+ChIP=两篇文章(3+;6+)

发布日期:2019-11-21 作者:爱基百客 点击:

01

组蛋白修饰酶组学分析

 随着测序技术的蓬勃发展,越来越多的基因组及转录组数据被公布,大家在找到初期转录组差异peak后,除了找到其中几个感兴趣的调控因子研究外,剩下的大量有用信息就在“睡大觉”。可是,大家知道么?这些“睡大觉”的信息,我们还可以重新捡起“废物利用”。并且基因组+转录组就能有一篇3分以上文章,再加上ChIP实验,又是一篇6分以上文章上场了。这么好的事情,当然不是随随便便发的啦,其中需要有个“关键人物”存在的。那么是神秘的“关键人物”是谁捏?当当当当,“关键人物”上场了。

今天我们神秘的大嘉宾就是—组蛋白修饰酶。

我们都知道,染色质是有核小体和DNA组成,而核小体是由8个组蛋白聚合而成。而组蛋白上存在多种修饰类型,如甲基化、乙酰化、泛素化和磷酸化等。这些修饰都能影响下游基因的表达。核小体修饰是通过影响DNA在组蛋白结构上缠绕的紧密程度,从而导致基因表达发生剧烈变化。这些修饰最常见的位置就是在核小体核心突出的氨基末端。


1.png 

▲核小体结构

那么组蛋白修饰又是怎么与常规表观技术结合来发挥作用呢?让我们借助文章来一一解析。

首先要说的一篇文章是基因组+转录组结合后发表的文章。

文章是2018年在BMC Plant biology上发表的名为Identification and characterization of histone modification gene family reveal their critical responses to flower induction in apple,作者首先将苹果的基因组进行组蛋白修饰酶鉴定,分析了苹果基因组上存在的不同的修饰酶类型,然后定位到染色质上,看每条染色质上存在的修饰酶。鉴定出修饰酶分析其结构域特征以及基因组成特征,同时做成调控网络图,让我们更清楚的了解在基因组调控中哪个组蛋白修饰酶更重要。同时将苹果的修饰酶与数据库中其他的物种的修饰酶也进行了比较分析,详细情况见下图:

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最后,文章做了几组转录组测序,并将转录组数据进行修饰酶差异分析,得到差异修饰酶。

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就这样,组蛋白修饰酶文章新鲜出炉,3分+到手。

有了差异组蛋白修饰酶,后面我们就可以根据得到的组蛋白修饰酶,找到相对应的组蛋白修饰类型,找寻组蛋白修饰调控机制。

这里,用另外一篇发在The Journal of Neuroscience上名为SIRT1-FOXO3a Regulate Cocaine Actions in the Nucleus Accumbens的文章,来仔细探讨组蛋白修饰酶SIRT1是如何通过调控组蛋白H4K16ac来控制伏隔核可卡因活动的。

实验材料:小鼠(对照组:注射生理盐水;实验组:注射可卡因)

主要表观技术:ChIP-seqRNA-seq

首先,作者将两组实验材料做了组蛋白修饰酶SIRT1的ChIP-seq实验,得到处理组和实验组中与修饰酶SIRT1相关的上下调基因。

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然后将ChIP-seq的结果与RNA-seq结果对比,进一步分析结合转录组后的上下调基因。

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进一步的,作者结合H4K16ac的ChIP-seq结果,分析比对H4K16ac和SIRT1的表观关联性,并认为SIRT1修饰酶修饰了组蛋白H4K16ac后通过招募转录因子来调控可卡因活动,并且找到关键调控转录因子FOXO3a。 

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后面,作者验证过表达FOXO3a后来验证其是否真的能影响可卡因行为,做了以下实验

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最后,作者得出了组蛋白修饰酶SIRT1是通过调控组蛋白H4K16ac来控制伏隔核可卡因活动的机制

8.png

好了,6分+的文章分享到此结束了,大家是不是也心动了呢?那么,找我们吧,武汉爱基百客为您提供组蛋白修饰酶组学一站式服务,不仅从实验设计提供技术支持,也对相关建库测序,如组蛋白修饰酶组学分析中的基因组建库测序、转录组建库测序,再到ChIP建库测序,我们全服务。

武汉爱基百客翻阅多篇文献,根据以往实验数据以及结果,总结了大量植物、动物和人的组蛋白修饰酶对应推荐组蛋白ChIP类型,如果你有感兴趣的组蛋白修饰酶,却不知道选择何种组蛋白ChIP类型,也可以找爱基百客。




本文网址:http://www.igenebook.com/news/491.html

关键词:组蛋白修饰,ChIP-seq,组学分析

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