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年终总结|那些年我们一起走过

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年终总结|那些年我们一起走过

发布日期:2020-01-21 作者: 点击:

又是一次新年季,虽然这个新年或多或少因为不明原因肺炎的事情添了少许担忧,但是新年了,是家人团圆的日子,想想一大家子人在一起喜气洋洋,还是有点小激动的!

废话不多说,又是一年辛苦工作的暂时告一段落,年终的总结还是得发发的!

岁月如梭,当日历又翻开了崭新一页,2020的时光列车载着我们又开始了新的旅程。回望2019,我们与各位老师合作取得非常显著的成绩,接下来我们盘点一下2019,愿2020年新年再把新功建,再创辉煌。

2019年公司合作发表文章如下:

年份文章文章
2019Biased   gene retention during diploidization in Brassica linked to three-dimensional   genome organization在芸苔属二倍体化过程中与三维基因组组织相关的偏向基因保留
2019Genome-wide   analysis of three histone marks and gene expression in Paulownia fortunei   with phytoplasma infection植原体侵染下泡桐三种组蛋白修饰标记的全基因组分布及基因表达分析
2019OsbZIP81,   A Homologue of Arabidopsis VIP1, May Positively Regulate JA Levels by   Directly Targetting the Genes in JA Signaling and Metabolism Pathway in RiceOsbZIP81通过直接靶向水稻JA信号传导和代谢途径中的基因来调节JA转录水平
2019Long   intergenic non‑coding RNA 00467 promotes lung adenocarcinoma proliferation,   migration and invasion by binding with EZH2 and repressing HTRA3 expression长基因间非编码RNA   00467通过与EZH2结合并抑制HTRA3表达来促进肺腺癌的增殖,迁移和侵袭
2019TAZ   sensitizes EGFR wild-type non-small-cell lung cancer to gefitinib by   promoting amphiregulin transcriptionTAZ通过促进双调蛋白转录使EGFR野生型非小细胞肺癌对吉非替尼敏感
2019Estrogen   receptors participate in carcinogenesis signaling pathways by directly   regulating NOD-like receptors.雌激素受体通过直接调节NOD-like受体参与致癌信号通路
2019Systematic   evaluation of C. elegans lincRNAs with CRISPR knockout mutants使用CRISPR敲除突变体对秀丽隐杆线虫lincRNA进行系统评估
2019Comparative   transcriptome analysis of Rosa chinensis ‘Slater's crimson China’ provides   insights into the crucial factors and signaling pathways in heat stress   response月季“月月红”热应激反应的关键因素和信号传导途径的转录组比较分析


下面对公司合作发表文章选取部分进行简单的解读:

ChIP-seq

在芸苔属二倍体化过程中与三维基因组组织相关的偏向基因保留

Biased gene retention during diploidization in Brassica linked to three-dimensional genome organization

研究物种:油菜              研究方向:染色质结构

发表期刊:Nature Plants 

影响因子:13.2972019

提供服务:ChIP-seq        

合作单位:中国农业科学院油料作物研究所

研究结果:

为了了解TADBrassica基因组组织中的作用,我们分析了TAD边界上可用的基因组特征。首先,我们分析了具有不同表达水平的基因在边界处的定位。与其他生物相似,B.rapaB. oleracea都在TAD边界处活跃表达的基因显著富集,而在边界处低表达的基因富集并不明显。与高表达基因的显著富集相一致,常染色质组蛋白标记(包括H3K4me3H3K27me3H3K9ac)在TAD边界附近富集,而DNA甲基化(包括CGCHGCHH)在TAD边界附近被耗尽。总之,我们的结果暗示高水平的基因转录活性和表观遗传修饰与B. rapaB. oleracea的划分和TAD形成有关。

1.png

TaDB. rapaB. oleracea中的分布

ChIP-seq ChIP-qPCR

OsbZIP81通过直接靶向水稻JA信号传导和代谢途径中的基因来调节JA转录水平

OsbZIP81, A Homologue of Arabidopsis VIP1, May Positively Regulate JA Levels by Directly Targetting the Genes in JA Signaling and Metabolism Pathway in Rice

研究物种:水稻研究方向:调控机制

发表期刊:International Journal of Molecular Sciences  影响因子:4.182019

提供服务:ChIP-seq ChIP-qPCR           合作单位:华中农业大学

研究结果

在这项研究中,我们发现了拟南芥VIP1(与VirE2相互作用的蛋白1),OsbZIP81OsbZIP84的两个水稻同源物。 OsbZIP81至少有两个替代转录本,OsbZIP81.1OsbZIP81.2 OsbZIP81.1OsbZIP84是典型的bZIP TF,而OsbZIP81.2不是。OsbZIP81.1可以直接结合OsPIOX并激活其表达。在OsbZIP81.1过表达转基因水稻植物中,JA(茉莉酸)和SA(水杨酸)含量上调,而ABA(脱落酸)含量下调。此外,农杆菌,茉莉酸甲酯(MeJA)和PEG6000可以大量诱导OsbZIP81表达。基于ChIP-Seq和随机DNA结合选择测定(RDSA),我们鉴定了一种新型的顺式元件OVREOryza VIP1反应元件)。结合ChIP-SeqRNA-Seq,我们获得了1332个靶向基因,这些基因归类为生物和非生物响应,包括α-亚麻酸代谢和脂肪酸降解。这些结果表明,OsbZIP81可通过直接靶向水稻JA信号传导和代谢途径中的基因来正调控JA水平。

2.png

ChIP-Seq和随机DNA结合选择测定(RDSA)数据分析

3.png

通过ChIP定量PCRChIP-qPCR)验证ChIP-Seq结果

RNA-seq:

月季“月月红”热应激反应的关键因素和信号传导途径的转录组比较分析

Comparative transcriptome analysis of Rosa chinensis ‘Slater's crimson China’ provides insights into the crucial factors and signaling pathways in heat stress response

研究物种:月季研究方向:胁迫应答

发表期刊:Plant Physiology and Biochemistry      影响因子:3.4042019

提供服务:转录组合作单位:中南林业科技大学

研究结果

为了研究玫瑰的热应激反应(HSR)机制,我们比较了在五个不同的持续时间(00.52612 h)下,由月季“ Slater's crimson China”暴露于热应激下产生的转录组谱。总体而言,鉴定了6175个差异表达基因(DGE),它们表现出不同的时间表达模式。热处理0.52h后,与伴侣蛋白介导的蛋白质折叠,信号转导和ROS清除相关的上调基因被迅速诱导,这为月季的热应激反应的早期调节提供了证据。在短短6h的热胁迫下就发现了与光反应,蔗糖生物合成,淀粉生物合成和细胞壁生物合成相关的基因下调,这表明其对月季的生理作用一直在发挥负面作用。通过加权基因共表达网络分析,我们发现可以通过几个模块来描述不同的热应激阶段。在将转录因子与共表达基因的上游富集DNA基序整合到这些模块中的基础上,预测并调控了基因调控网络。确定了几个HSR的调节器。特别重要的是发现了与快速传感和信号转导相关的模块,其中鉴定了与分子伴侣、Ca 2+信号传导途径和转录因子相关的许多共表达基因。这项研究的结果为进一步剖析候选基因控制玫瑰中HSR转录调控网络的作用提供了重要的资源。

4.png

基因表达谱在不同热应激阶段之间的变化

公司简介

武汉爱基百客生物科技有限公司位于武汉国家生物产业基地——光谷生物城,是一家专业供表观组学技术服务与表观组学生物信息分析的新型生物科技服务企业。武汉市高新技术企业,获得ISO9001-2015质量管理体系认证,千企万人计划;五年表观实验服务,千余例项目经验,表观组学服务国内市场份额占据稳居第一;主营项目包括ChIP-seq、ATAC-seqWGBS、MeDIP、MeRIPRIP-seq等技术服务,爱基针对多糖多酚、高淀粉、高油脂等特殊样本有自己独特的技术优势,高效表观技术服务为科研助力。




本文网址:http://www.igenebook.com/news/505.html

关键词:年终总结,ChIP-seq,RNA-seq

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