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JASPAR数据库使用

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JASPAR数据库使用

发布日期:2020-05-08 作者:爱基百客 点击:

 转录因子(Transcription factorsTFs)在控制基因表达中起着关键的作用。对TFs的系统性识别和注释,随后是TF数据库的构建,可能充当了研究转录因子的功能和进化的有用资源。JASPAR(http://jaspar.genereg.net/)是一个免费公开的转录因子数据库,数据库中收录了转录因子的motif信息,可以用来预测转录因子与序列的结合区域。

1.       数据库主页布局介绍

转录因子


1)         点击Search跳转搜索页面。可输入TF名称、ID、物种等信息进行搜索。

2)         点击Browse   ASPAR CORE跳转到JASPAR的核心数据库页面。展示TF motif家族分类信息。

3)         点击Unvalidated Profiles跳转未经验证的数据库页面。展示TF motif家族分类信息。

4)         点击Browse Collections跳转不同分类数据库页面。展示各自TF motif家族分类信息。

5)         点击Tools跳转到工具页面。主要是TF结合位点预测和TF motif预测。

6)         点击Download Data进入数据库下载地址页面。


 

2.       数据库分类

JASPAR数据库中,提供了9种不同来源和类别的转录因子信息。其中JASPAR CORE是核心数据集,其他每个数据集都是一个小的子集,core 则是整合了所有这些子集,从而构建的非冗余数据集。

2.1.    JASPAR CORE

这个分类下均是从文献中收集的,有实验证据支持的真核生物转录因子motif信息,同时经过了人工核对,是一个非冗余的且高质量的TF motif数据库,该分类是整个数据库中的核心,也各个科学家最常用的数据库分类。每个motif编号以MA开头。

转录因子


2.2.    Collection CNE

Collection CNE数据集包含了233个调控人类非编码基因的转录因子motif信息,编号以CN开头。

转录因子


2.3.    Collection FAM

Collection FAM整理的是转录因子的类别class信息,多个转录因子可以拥有相同的调控序列,将调控序列相同的转录因子归为一类。每个class的编号以MF开头。

转录因子


2.4.    Collection PBM

Collection PBM下是利用体外技术分析了104个小鼠的转录因子后得到的motif信息,每个motif编号以PB开头。

转录因子


2.5.    Collection PBM HLH

PBM HLHPBM类似,只不过该类别下是 C. elegans bHLH19个转录因子的信息,物种不同,每个motif编号以PL开头。

转录因子


2.6.    Collection PBM HOMEO

Collection PBM HOMEO包含的是小鼠的转录因子motif信息,每个motif编号以PH开头。

转录因子


2.7.    Collection PHYLOFACTS

Collection PHYLOFACTS下分析的是哺乳动物进化保守基因的转录因子motif信息,每个motif的编号以PF开头。

 

转录因子


2.8.    Collection POLII

Collection POLII包含了RNA聚合酶结合区域的motif序列,每个motfi编号以PL开头。

转录因子


2.9.    Collection SPLICE

Collection SPLICE包含的是人类剪切位点的motif序列,每个motif编号以SA开头。

转录因子


3.       查询转录因子

已知转录因子ID查询其相关信息。以SPI1为例,点击主页上的Search进入搜索页面,在搜索框中输入SPI1进行查询,页面提供检索功能,根据物种信息、TF分类信息等等进行精确搜索。

转录因子


搜索结果可以反馈很多详细信息,如该TF在数据库中的ID、物种、TF分类、家族信息、moitf log。点击ID可以跳转至该motif更详细的信息。

转录因子


4.       查询TF结合位点

已知一段蛋白序列查询JASPAR中转录因子结合位点。点击主页中Tools下的Profile Inference跳转至搜索页面,在搜索框中输入一段蛋白序列即可查询结果。结果展示相关motif的相关信息。点击其ID可以查询更多信息。


转录因子


转录因子


5.       查询预测的motif

软件预测出了motif信息,查询其相近的motif。点击主页中Tools下的Matrix Align跳转至比对页面,在搜索框中输入PFM 格式的矩阵,选择数据集和物种信息,即可查询比对结果。结果展示相关motif的相关信息。点击其ID可以查询更多信息。

转录因子


转录因子


 

6.       linux服务器预测motifDNA序列上的结合位点

利用在线工具得到TF相关motif矩阵信息后,可以用fimo软件进行其在DNA序列上的结合位点预测。只需输入motifPFM格式(MEME版本)的矩阵文件和DNA序列文件(fasta格式),用fimo软件运行即可得到预测的结合位点信息。命令如下:


/path/software/fimo MA0935.1.meme seq.fa --oc output

转录因子


转录因子


本文网址:http://www.igenebook.com/news/519.html

关键词:转录因子,ChIP,数据库

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