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转录因子(Transcription factors,TFs)在控制基因表达中起着关键的作用。对TFs的系统性识别和注释,随后是TF数据库的构建,可能充当了研究转录因子的功能和进化的有用资源。JASPAR(http://jaspar.genereg.net/)是一个免费公开的转录因子数据库,数据库中收录了转录因子的motif信息,可以用来预测转录因子与序列的结合区域。
1) 点击Search跳转搜索页面。可输入TF名称、ID、物种等信息进行搜索。
2) 点击Browse ASPAR CORE跳转到JASPAR的核心数据库页面。展示TF motif家族分类信息。
3) 点击Unvalidated Profiles跳转未经验证的数据库页面。展示TF motif家族分类信息。
4) 点击Browse Collections跳转不同分类数据库页面。展示各自TF motif家族分类信息。
5) 点击Tools跳转到工具页面。主要是TF结合位点预测和TF motif预测。
6) 点击Download Data进入数据库下载地址页面。
在JASPAR数据库中,提供了9种不同来源和类别的转录因子信息。其中JASPAR CORE是核心数据集,其他每个数据集都是一个小的子集,core 则是整合了所有这些子集,从而构建的非冗余数据集。
这个分类下均是从文献中收集的,有实验证据支持的真核生物转录因子motif信息,同时经过了人工核对,是一个非冗余的且高质量的TF motif数据库,该分类是整个数据库中的核心,也各个科学家最常用的数据库分类。每个motif编号以MA开头。
Collection CNE数据集包含了233个调控人类非编码基因的转录因子motif信息,编号以CN开头。
Collection FAM整理的是转录因子的类别class信息,多个转录因子可以拥有相同的调控序列,将调控序列相同的转录因子归为一类。每个class的编号以MF开头。
Collection PBM下是利用体外技术分析了104个小鼠的转录因子后得到的motif信息,每个motif编号以PB开头。
PBM HLH与PBM类似,只不过该类别下是 C. elegans bHLH的19个转录因子的信息,物种不同,每个motif编号以PL开头。
Collection PBM HOMEO包含的是小鼠的转录因子motif信息,每个motif编号以PH开头。
Collection PHYLOFACTS下分析的是哺乳动物进化保守基因的转录因子motif信息,每个motif的编号以PF开头。
Collection POLII包含了RNA聚合酶结合区域的motif序列,每个motfi编号以PL开头。
Collection SPLICE包含的是人类剪切位点的motif序列,每个motif编号以SA开头。
已知转录因子ID查询其相关信息。以SPI1为例,点击主页上的Search进入搜索页面,在搜索框中输入SPI1进行查询,页面提供检索功能,根据物种信息、TF分类信息等等进行精确搜索。
搜索结果可以反馈很多详细信息,如该TF在数据库中的ID、物种、TF分类、家族信息、moitf log。点击ID可以跳转至该motif更详细的信息。
已知一段蛋白序列查询JASPAR中转录因子结合位点。点击主页中Tools下的Profile Inference跳转至搜索页面,在搜索框中输入一段蛋白序列即可查询结果。结果展示相关motif的相关信息。点击其ID可以查询更多信息。
软件预测出了motif信息,查询其相近的motif。点击主页中Tools下的Matrix Align跳转至比对页面,在搜索框中输入PFM 格式的矩阵,选择数据集和物种信息,即可查询比对结果。结果展示相关motif的相关信息。点击其ID可以查询更多信息。
利用在线工具得到TF相关motif矩阵信息后,可以用fimo软件进行其在DNA序列上的结合位点预测。只需输入motif的PFM格式(MEME版本)的矩阵文件和DNA序列文件(fasta格式),用fimo软件运行即可得到预测的结合位点信息。命令如下:
/path/software/fimo MA0935.1.meme seq.fa --oc output
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