启动子查找以及转录因子结合位点预测

        启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录，但他能通过与转录因子结合进而调控基因的转录  过程。今天我们就来介绍一下如何通过网站工具就能查找目标基因的启动子序列，以及利用启动子序列进行转录因子的预测分析。

一、 搜索目标基因获取启动子序列

     打开NCBI 将目标基因ID （如果是输入 gene symbol ,最好加上物种名）输入搜索框，同时选择gene 部分。如下图：

得到结果如下图，首先我们需要确定基因组的版本是否与自己分析的基因组版本一致。通过第一个箭头位置可以判断基因组的版本。然后我们需要判断该基因的方向（第二个箭头位置），方向朝右为正向，方向朝左为负向。确认完毕后，点击第三个箭头所指的FASTA 跳转到该基因的序列信息页面。

基因的序列信息如下界面所示。首先看到右边的step1位置，这里可以选择显示的区间位置。启动子区域我们一般认为是基因的转录起始位点上游2KB区域，如果基因在正链上，则我们将 from 中的位置减去2000 作为promoter的起始位点，from中的位置作为promoter的终止位点。如果基因在负链上，则我们将 to 中的位置加上2000 作为promoter的终止位点，to中的位置作为promoter的起始位点。最后点击update View 按钮：

更新页面后，点击step2 按钮，按如下箭头所示选择即可保存该基因的promoter 序列到本地文件：

以上就是查找基因的启动子区域的普适性方法了。不知道大家会了没有呢……

二.转录因子结合位点预测

植物转录因子结合位点预测

粘贴目标基因的fasta格式序列到文本框，或者直接将序列文件上传到网页上均可点击 prediction 按钮即可。结果如下界面

结果文件中的motif 列以及family列 都结果都可以点击之后查看具体的mitif 信息以及转录因子信息。示例如下图，具体的意义大家可以点击 ?help 查看帮助文档即可。

动物转录因子结合位点预测

动物转录因子结合位点的预测直接输入需要预测结合位点的DNA序列点击summit 即可，直接将序列粘贴到输入框中即可。得到信息见右边的空白部分。如下图：

根据结果选择最低的Q-value 或者老师关心的TF即可。但比较可惜的是没有更多的扩展内容供老师参考。仅能知道预测得到的TF以及对应的序列等信息。

这样转录因子结合位点的预测就完成了。