启动子查找以及转录因子结合位点预测

发布日期：2020-05-15 作者：爱基百客点击：

启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录，但他能通过与转录因子结合进而调控基因的转录过程。今天我们就来介绍一下如何通过网站工具就能查找目标基因的启动子序列，以及利用启动子序列进行转录因子的预测分析。

一、搜索目标基因获取启动子序列

打开NCBI 将目标基因ID （如果是输入 gene symbol ,最好加上物种名）输入搜索框，同时选择gene 部分。如下图：

转录因子

得到结果如下图，首先我们需要确定基因组的版本是否与自己分析的基因组版本一致。通过第一个箭头位置可以判断基因组的版本。然后我们需要判断该基因的方向（第二个箭头位置），方向朝右为正向，方向朝左为负向。确认完毕后，点击第三个箭头所指的FASTA 跳转到该基因的序列信息页面。

转录因子

基因的序列信息如下界面所示。首先看到右边的step1位置，这里可以选择显示的区间位置。启动子区域我们一般认为是基因的转录起始位点上游2KB区域，如果基因在正链上，则我们将 from 中的位置减去2000 作为promoter的起始位点，from中的位置作为promoter的终止位点。如果基因在负链上，则我们将 to 中的位置加上2000 作为promoter的终止位点，to中的位置作为promoter的起始位点。最后点击update View 按钮：

转录因子