Cistrome DB:人和小鼠的ChIP-seq数据库

         Cistrome DB是一个较为全面且公开的人类和小鼠ChIP-seq及开放染色质信息资源数据库。其中的数据囊括了NCBI、ENCODE和一些表观基因组学项目样本中相关信息。该数据库系统地为每个样本标注了以下元数据:物种、生物来源(细胞系/种群、细胞类型、组织来源、疾病状态)、转录因子名称、PubMed ID和引文。元数据从对应条目中自动解析，然后可手动选择转录因子名称和生物源，以确保相关信息的一致性。ChIP-seq和开放染色质数据数量自2007年以来显著增加。数据库总共包含23319个ChIP-seq和染色质接近性样本数据，其中小鼠9953个，13366个为人类。其中，转录因子和染色质调控因子的ChIP-seq是10276个，组蛋白修饰和变异的ChIP-seq为10680个，染色质可接近性1370个，其余993个被归为其他类。这些样本数据包括人类713个不同的TFs和76个组蛋白修饰/变异，小鼠480个TFs和71个组蛋白修饰/变异。

         Cistrome DB可查找哪些factor调节了您感兴趣的基因，哪些factor在您关注的基因区域内结合，或者查找相应区段的显著的转录因子结合peak。如果你有转录因子ChIP-seq(和TF干扰表达)数据，Cistrome-GO可以帮助你预测这个TF的功能。Cistrome DB还提供可视化功能，允许用户在UCSC或WashU中查看峰值和信号强度。支持单个或批量样本的可视化。例如，基因组的一个超级增强子区域包含多个SOX2和NANOG结合位点，并且富含中介体和H3K27ac信号。使用Cistrome DB，用户可以选择相关ChIP-seq样本，利用sample batch view功能，在WashU genome browser上查看主转录因子之间的共结合模式。此外，Cistrome DB可以将数据导出到我们之前创建的Cistrome分析管道(Cistrome AP)中进行下游分析。

         那么如何查找某一转录因子A的靶基因，示例如下：

操作方法：

1.       搜索不同细胞组织中感兴趣的转录因子

         Cistrome DB包含两个数据库搜索选项，通过指定关键字，选择相应物种或生物来源以及要研究的因子类型。可以查看详细数据信息及注释，点击数据集可获取分析结果和质控指标。

2.每个ChIP-seq和DNase-seq样本都有一个唯一的数据集ID, Cistrome DB为每个数据集（包含手动管理的元数据）进行注释，包括物种、因素、生物来源、发布时间和处理状态。单击感兴趣的dataset后，单个样本的结果显示如下。结果页包含详细的元数据注释、质量控制报告、分析结果和下载部分。还可将数据发送到Cistrome分析管道进行随后的分析。QC的详细说明见ChiLin文件。

根据某个数据集查看结果：

结果说明：

3. CistromeDB还可提供批量数据查看功能。选择感兴趣的数据集后，用户可以将数据发送到genome browser进行关联研究，如辅因子、染色质调节因子与组蛋白修饰之间的关系等。

联合分析展示：

4.如何获取ChIP-seq感兴趣的目标，Cistrome DB提供了两种搜索方式。通过点击“get top putative targets”菜单来获取最优结果。也可以输入基因名或ID来搜索匹配结果。

Toolkit分析包：

1. 输入基因名称， 可自定义TSS区域，查看有哪些转录因子可能调控该基因

2. 输入基因组区域，查看有哪些转录因子可能结合在该区域

3. 输入peak结果，查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,可以用于转录因子的联合分析。

搜索结果：

还可使用箱线图可视化查看。

Cistrome DB是最为全面的人和小鼠的ChIP_seq数据库之一，通过该数据库，可以方便的分析和挖掘基因和转录因子的调控关系，更多细节探索请移步官网。

IP类产品：ChIP-seq,DAP-seq，CLIP-seq，RIP-seq，DRIP-seq，6mA-IPseq，MeRIP-seq，IP，Co-IP

测序产品：WGBS，ATAC-seq，WGS，RAD/GBS，smallRNA，LncRNA，转录组，精准转录组，全转录组，降解组

分子产品：EMSA，Y1H，Y2H，分子标记，荧光定量，载体构建

新星产品：ScWGBS，ScATAC，ScRNA-seq，CUT&RUN，CUT&Tag

其他产品：代谢组，修饰酶组