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lncRNA思路|全转录组+ChIP-qPCR,还能有7分?

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lncRNA思路|全转录组+ChIP-qPCR,还能有7分?

发布日期:2020-08-06 作者:程伟 点击:

01
lncRNA

RNA作为遗传信息传递的中心法则中重要的一环,是遗传讯息的中间载体,参与蛋白的合成和基因表达调控。RNA在生物体中普遍存在,近年来,越来越多关于RNA的研究促进的表观遗传的发展,解决了不少表观问题,其中研究较多的RNA有mRNA、miRNA、lncRNA等,也有近两年新兴的cirRNA和ceRNA机制等。


在生物体内,不同的RNA参与不同的调控机制,可能会导致不同的调控结果。MiRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默,而ceRNA可以通过竞争性地结合miRNA来调控基因表达。一些lncRNA聚合在染色质结构上,使位于重叠和非重叠边缘的多个基因沉默,他们与DNA或染色质修饰酶蛋白相互作用,并将其招募到目标区域。


大多数lncRNA都是通过RNA聚合酶II转录的,如PolII占用、50caps、与PolII转录延长相关的组蛋白修饰和聚腺苷酸化。已报道了很多关于lncRNA在肿瘤发生中发挥作用的反馈机制如PVT1/miR-30d-5p/RUNX2;PVT1/miR-455/RUNX2;CACS19/miR-140-5p/CEM2P等。本文就2019年在Gastric Cancer上发表的文章DLX6‑AS1/miR‑204‑5p/OCT1 positive feedback loop promotes tumor progression and epithelial–mesenchymal transition in gastric cancer来探讨关于lncRNA和miRNA以及转录因子之间在肿瘤中的反馈机制。


1.png

1
研究材料

7个胃癌细胞系:MKN-7、MKN-28、MGC-803、HGC-27、MKN-45、AGS和SGC-7091和一个正常肠细胞系GES以及人胚胎肾细胞系293T

2
研究方法

qRT-PCR、ChIP-qPCR、WB、荧光素酶实验

3
研究流程

2.png

4
研究结论

文章最后提出了lncRNA DLX6-AS1能抑制miR-204-5p的功能使其不能结合OCT1,从而增强OCT1的表达,OCT1的表达也能反馈促进lncRNA DLX6-AS1的转录,同时lncRNA DLX6-AS1能促进OCT1的转录后修饰,而OCT1的表达增强细胞增殖代谢等进程。

思路复制

思路复制

当然,作者很多的实验结果借助了数据库,比如375份胃癌样本和32份正常样本的RNA-seq数据来源于TCGA数据库,miRNA预测借助了miRcode和 DIANA-LncBase数据库,靶标基因借助了JASPAR。若是不懂得生信分析知识也没有关系,现在全转录组分析能够将测得的全部转录组信息进行整合分析,得到样本中各种lncRNA-miRNA-mRNA互作示意图,然后再将得到的互作关系进行验证,实验流程示意图如下:

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关键词:lncRNA,ceRNA,全转录组

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