您好!欢迎来到武汉爱基百客生物科技有限公司的官方网站!

表观组学技术服务

新闻分类

产品分类

联系我们

武汉爱基百客生物科技有限公司

电话:027-87606602(市场部)  

          027-62431231(行政部)

Q Q : 270105245   465436937   

         1511879086   812115916

传真:027-87606602

邮箱:support@igenebook.com

地址:武汉市东湖高新区高新大道888号高农生物园高农国际1栋  

网址:www.igenebook.com


单细胞疑难样本“救世主”:单核转录组snRNA-seq横空出世

您的当前位置: 首 页 >> 新闻中心 >> 技术知识

单细胞疑难样本“救世主”:单核转录组snRNA-seq横空出世

发布日期:2020-08-28 作者:程伟 点击:

浅谈单核转录组
NO.1
单细胞发展历程

单细胞技术的发展为人类探索细胞与细胞之前的关联提供了可能。随着单细胞的发展,从最开始的单个单个的细胞单独建库测序,到开始实现几个细胞、几百个细胞,到现在一次性捕获几千个甚至上万个细胞,几年之间,这种跨越式的发展使得癌症、肿瘤等疾病的研究更透彻,应用单细胞之间的差异探索疾病或癌症治疗成为一种新兴手段。

1.png

单细胞技术发展史

NO.2
10×Genomics单细胞介绍

目前应用最广泛的单细胞技术要数10×Genomics单细胞平台了。10×Genomics 的10×Chromium是应用微流控系统,将单细胞制备成油包水结构,每个油包水结构中包含唯一的UMI。该平台单次分离能够获得500-10000个油包水单细胞。

NO.3
现有单细胞技术缺陷

目前在10×Genomics平台上应用的主要是新鲜培养的细胞、新鲜组织以及部分植物根,虽然有部分冻存的细胞和组织也能够进行10×Genomics单细胞平台实验,但是大部分冻存样本难以实现单细胞的有效解离,尤其是长期保存的组织,或者大脑细胞和脂肪细胞,在分离细胞时所用的酶和破坏力往往影响其他细胞区室的内容。另一方面,在组织或细胞解离过程中,虽然能得到较好的单细胞悬液,但是在解离过程中,可能会发生转录应激反应,导致得到与实际不符的结果。

要得到上10×Genomics单细胞平台之前较好的样本是阻拦研究人员脚步的原因。在这种时候,单核细胞研究应运而生。研究人员通过提取样本的细胞核来进行研究,大大减少了样本处理的难度,使得各种不同样本进行单细胞研究成为可能。

NO.4
单核转录组snRNA-seq介绍

单核转录组snRNA-seq在10×Genomics平台上的操作是一样的,也是分离得到的单细胞核与UMI一起形成油包水结构后进行裂解、建库测序。但是他们的差异在于单核转录组在上10×Genomics平台之前,需要消化细胞得到单细胞核的悬浮液,最后得到的转录组信息是核内的转录组,而不能得到胞质中的转录本信息。

目前,单核转录组snRNA-seq已被广泛的用于神经科学研究,随着鼠脑、猴脑以及人脑细胞转录图谱的不断完善,加速推进着人类攻克神经疾病的步伐。

NO.5
单核转录组snRNA-seq相关文献分享

19JASN上发表的文章Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis里使用单核转录组对小鼠纤维化肾脏细胞进行单核分离后,在不同的平台上进行单核转录组测序。结果发现snRNA-seq在成人肾脏中实现了与scRNA-seq相似的基因检测,而且它还有很多优势,包括减少解离偏差,与冷冻样本兼容,消除解离诱导的转录应激反应,以及成功用于炎症纤维化肾脏

2.png


小鼠纤维化肾脏细胞用不同的方式进行单细胞建库,单细胞sCell和单核细胞sNuc进行对比分析,单核转录组能减少解离偏差。


3.png


2020年在Nature Biotechnology上也发表了一篇类似的对比单细胞转录组和单核转录组的文章:Systematic comparison of single-cell and single-nucleus RNA-sequencing methods。测试了三组样本:小鼠和人细胞混合物、人外周血单核细胞以及小鼠皮质核。结果发现scRNA-seq和snRNA-seq的结果一致性较好。


4.png

5.png


有困难,找爱基!爱基百客生物励志于解决各种疑难样本的表观技术应用!

QQ图片.png


本文网址:http://www.igenebook.com/news/544.html

关键词:snRNA-seq,10xGenomics,转录组

最近浏览:

联系我们

企业名称:武汉爱基百客生物科技有限公司

电话:027-87606602(市场部)  027-62431231(行政部)

Q Q :  270105245   1511879086  

          465436937   812115916

传真:027-87606602

邮箱:support@igenebook.com

地址:武汉市东湖高新区高新大道888号高农生物

          园高农国际1栋  

网址:www.igenebook.com


表观组学技术服务

热推产品  |  主营区域: 江苏 天津 武汉 上海 北京 湖北
  • 在线客服
  • 联系电话

    027-87606602

  • 在线留言
  • 官方微信
  • 在线咨询
    欢迎给我们留言
    请在此输入留言内容,我们会尽快与您联系。
    姓名
    联系人
    电话
    座机/手机号码
    邮箱
    邮箱
    地址
    地址