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10×Genomics|单细胞转录组之样品预处理

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10×Genomics|单细胞转录组之样品预处理

发布日期:2020-09-11 作者:程伟 点击:

前面我们简单介绍了10×Genomics单细胞总体,今天我们来详细讲解讲解单细胞整个实验流程。

我们想要做成功的完成一个单细胞的实验,并不是那么的容易,10×Genomic平台捕获单细胞要求细胞无粘连(成团率<5%)、细胞活性不低于85%,不然可能得到的实验背景较深,影响最终的分析结果。如果是培养的新鲜细胞,完成一个单细胞捕获实验那成功率杠杠的image.png


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解离较好、无粘连细胞悬液


但是,实际情况是,我们在实验过程中,有可能需要将细胞进行处理,不同处理得到的细胞可能生长周期不一样,或者因为其他原因,导致我们一批实验细胞不能同时达到生长的最佳状态,因为,我们可能会对细胞进行冻存处理,那么问题来了,冻存后的细胞复苏后活性可能较低,实验难度加大。

10×Genomics公司网站上针对不同的细胞类型,给出了不同的处理推荐


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而组织样本与细胞样本不一样,组织样本需要先解离掉一些不需要的组织,然后将组织消化成单细胞悬液状态,在处理过程中,要保证处理的单细胞悬液中无杂质,无大于 40μm 的细胞碎片或其他颗粒物,一些样本还需要去红细胞。而且组织样本也有可能有新鲜的组织或者冻存组织。

10×Genomics单细胞实验目前应用较多的是在临床上。而我们知道,临床样本非常珍贵,获得不容易,保存更难。

10×Genomics官网上,已经给出了部分组织样本的预处理方法,但是临床样本多种多样,不同的组织预处理方法不同。


爱基百客生物在10×Genomics官网公布的步骤基础上,实验了更多的样品预处理,有需要样品预处理步骤的老师,可以联系我们查询是都有对应样品的操作步骤!


神经细胞、脂肪细胞等是公认的难处理细胞,不能或者说很难直接处理成单细胞悬液,这个时候,我们做的更多的是将样本组织处理成单核状态,做单核转录组snRNA-seq实验。


爱基百客专注表观实验,有丰富的提取细胞核经验,并且植物新鲜、冻存样本都能提取到杂交较少甚至无杂质的纯净细胞核。


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解离较好、几乎无杂质的细胞核悬液


目前,爱基百客生物在以往不同表观实验的经验上,试验了不同样品的细胞核提取方法,除了在一些常规新鲜或冻存细胞、新鲜或冻存组织样本上,还在很多植物样本中处理成细胞核悬液,如水稻、泡桐、铁线莲、蝴蝶兰、月季、拟南芥、玉米、粉蕉、番木瓜、棉花,还有一些真菌样本如疫霉菌、镰刀菌,同时也在脂肪组织中尤其是猪板油这种油脂非常厚的样本中成功试验了细胞核的提取。

当然,我们还会继续解锁更多样本的预处理流程,欢迎各位感兴趣的老师联系咨询,我们将不遗余力的为您阻力科研研究,为科技的发展贡献自己小小的心意!

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关键词:10×Genomics,单细胞转录组,scRNA-seq

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