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单细胞RNA-seq（Single-Cell RNA Sequencing）是在单细胞水平对mRNA进行高通量测序的技术，可以研究单个细胞内的基因表达情况。它是针对单个细胞的RNA水平进行测序的一门技术。
因为，即使来源相同的单个细胞，由于随机生物过程和环境因素等干扰，彼此之间也会存在差异，即细胞的异质性。而且，细胞的功能还要经DNA转录翻译合成蛋白质后实现的，中间有复杂的分子层面的调控机制。
因此，单个细胞之间的基因组和（或）转录组差异也会存在差异。所以，单细胞测序的结果更能体现细胞层面基因表达上的差异，观测单个细胞之间基因组和转录组差异。
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