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基于单细胞测序数据构建细胞转换轨迹方法综述

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基于单细胞测序数据构建细胞转换轨迹方法综述

发布日期:2021-01-12 作者: 点击:

  在各种生物系统中,细胞会表现出一系列不同的状态(如基因表达的动态变化等。),而这些状态会按照一定的时间顺序发生变化。最典型的例子是细胞分化,从未成熟细胞逐渐分化为成熟细胞。此外,当细胞受到外界刺激或干扰时,细胞中基因的表达也可能发生一系列变化,从而表现出一系列的状态转换。

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  特别是细胞状态和细胞亚型是两个不同的概念。一类细胞可以进一步细分为不同的细胞亚型,相对稳定。不同的细胞亚型在受到外界刺激或干扰时,可能会表现出不同的细胞状态,这是暂时的。

  利用单细胞RNA-seq技术对相应样本进行测序后,可以基于单细胞测序数据具体研究不同细胞状态之间的转换过程,中文常称为细胞轨迹构建或伪时间序列构建,英语中称为细胞轨迹/线性和伪时间重构/影响。其中,中文翻译为伪时间,是一个假设的时间序列。这种类型的单细胞测序数据分析是基于细胞内基因的表达,从开始状态、中间状态、结束状态按照伪时间序列排列不同的细胞。所以可以促进对细胞跃迁潜在机制。


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关键词:单细胞测序

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