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RNA-蛋白互作利器|CLIP-seq,你是不一样的烟火

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RNA-蛋白互作利器|CLIP-seq,你是不一样的烟火

发布日期:2021-03-11 作者:程伟 点击:

RNA-蛋白互作

生物体中,RNA的存在是多种多样并且功能繁多,关于RNA功能研究的技术也是日新月异。从最开始研究最多的mRNA测序,到后来发现了各种各样的类型的RNA,如small RNAlncRNA或者新近研究热门的circRNA以及ceRNA机制等。科学家们不仅研究单纯的RNA功能,还研究在中心法则中RNA结合蛋白的功能。

RNA结合蛋白(RNA-binding proteins)简称RBPs,它在基因调控中扮演着关键作用。目前的研究表明,RNA除了少数能以核酶的形式单独发挥功能,大部分是与蛋白质结合形成RNA-蛋白复合物发挥功能。RBPs对于RNA的合成、选择性剪接、修饰、转运和翻译等生命活动的调控都具有关键作用。


许多研究表明,RNA结合蛋白的研究中,与蛋白结合行使功能的RNAs中不仅仅是mRNA,还包括lncRNAcircRNAmiRNA


在这里我们来回顾下不同RNA在细胞中的功能吧。

mRNA不用多说了,相信大家都很清楚,它常常携带遗传信息在蛋白质合成中充当模板。

其他如lncRNAcircRNAmiRNA等是国自然申请的热门方向。LncRNA中文名称为长链非编码RNA,它的分子内部具有特定而复杂的二级空间结构,能提供与蛋白结合的多个位点,或者与DNARNA之间通过碱基互补配对原则发生特异性、动态性相互作用,它是有RNA聚合酶II转录形成,不编码蛋白质,通常具有polyA尾;而miRNA是一类内源性非编码的小RNA分子,它通过与靶mRNA3UTR区完全或者部分互补结合,导致mRNA降解或翻译抑制,从而调控靶基因的表达;circRNAs(Circular RNAs,环形RNA分子)是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴,并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNA是由非经典剪接方式进行反向剪接而形成。


研究RNA-蛋白互作的技术有哪些呢?

研究RNA-蛋白功能的技术有RIPCLIP以及CLIP衍生技术iCLIPeCLIPPAR-CLIP,不同的技术有不同的特点。今天我们来解说解说CLIP技术吧。


CLIP-seq技术作为优化技术,其最优势的地方就是整个实验从紫外交联开始,能重源头处固定RNA和蛋白的互作,减少了其他技术在实验操作中引起的互作变化。同时,相对于其他技术,CLIP通过优化实验步骤、加深生信分析手段,能够分析得到蛋白在RNA上的结合位点,这让我们后期验证实验减少了很多成本与时间。

先来说说CLIP的实验流程吧

iCLIP流程.png


首先我们将样品紫外交联后,使用RBP对应抗体进行免疫共沉淀捕获实验,在获得的RNA上连接测序接头后,反转录进行建库测序。

拿到了测序结果后,我们会对结果进行生信分析,对于分析内容如下:


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当然了,CLIP的生信分析里包含了常规的数据质控、基因组比对以及比对的序列call peakGOKEGG注释,但是在这些分析之外,我们最主要是能在CLIP实验得到的结果里分析到蛋白的结合位点,这才是整个实验最核心的部分,也是我们最关注的地方不是么O(∩_∩)O~

除了得到这些RBP binding sites外,我们也希望能得到一些miRNA靶标位点,并且由此延伸的lncRNA或者circRNA亦或者是由此组成的ceRNA调控网络。

没问题,这些都满足你!

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看到了前面介绍的这些内容,你是否也有想做CLIP-seq/CLIP-qPCR的计划呢,如果有的话,联系爱基百客吧,凭此文章,可以有7折优惠哦!快点来联系我们吧!

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本文网址:http://www.igenebook.com/news/572.html

关键词:CLIP,RBP,蛋白互作

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