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RBPs系列|RNA结合蛋白结合RNA的结构预测,文章瞬间出彩(网页版软件)

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RBPs系列|RNA结合蛋白结合RNA的结构预测,文章瞬间出彩(网页版软件)

发布日期:2021-03-25 作者:程伟 点击:

RNA-蛋白互作

做了很好的表观实验,得到了RNA结合蛋白结合RNA后,是否还能深挖?当然能够了,除了通过表观实验来探索RNA结合蛋白RBPs的调控机制,我们还能进一步研究其结合区域,少许的深挖,能瞬间增彩文章,何乐而不为呢?

要懂计算机语言,会输代码?no no no,现成网页版分析软件告诉你,简单输入蛋白序列或者PDB结构文件,点击分析,很快就能知道蛋白的结合区域了,是不是很神奇呢,快去试试吧!


网页版分析软件及链接如下:

1、aaRNA  

https://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/aarna/   Li et al., 2014  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

2、Arpeggio 

http://biosig.unimelb.edu.au/arpeggioweb/  Jubb et al., 2017  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

3、beRBP  http://bioinfo.vanderbilt.edu/beRBP/predict.html Yu et al., 2019  预测给定蛋白和RNA的互作

4、catRAPID  http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group  Bellucci et al., 2011 预测给定蛋白和RNA的互作

5、DR_bind1

http://drbind.limlab.ibms.sinica.edu.tw  Chen et al., 2014  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

6、DRNApred  http://biomine.cs.vcu.edu/servers/DRNApred/  Yan and Kurgan, 2017  预测给定蛋白结合RNA或者DNA的位置及其结构分析

7、hybridNAP  http://biomine.cs.vcu.edu/servers/hybridNAP/  Zhang et al., 2019  预测给定蛋白结合RNA或者DNA抑或蛋白的位置及其结构分析

8、KYG  

http://cib.cf.ocha.ac.jp/KYG/  Kim et al., 2006  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

9、OPRA 

https://life.bsc.es/pid/opra/default/index  Pe´ rez-Cano and Ferna´ ndez-Recio, 2010预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

10、PPRInt   https://webs.iiitd.edu.in/raghava/pprint/index.html  Kumar et al., 2008  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

11、PredPRBA 

http://PredPRBA.denglab.org/  Deng et al., 2019   预测给定蛋白和RNA的互作

12、PRince http://www.facweb.iitkgp.ac.in/rbahadur/prince/home.html  Barik et al., 2012  预测给定蛋白和RNA的互作

13、RBPmap 

http://rbpmap.technion.ac.il/index.html  Paz et al., 2014  预测给定蛋白和RNA的互作

14、RNAbindPlus http://ailab1.ist.psu.edu/RNABindRPlus/  Terribilini et al., 2007  预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

15、RNAbindRv2.0  

http://ailab-projects2.ist.psu.edu/RNABindR/  Terribilini et al., 2007预测给定蛋白结合RNA的位置及其结构分析

16、RPISeq  

http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/  Muppirala et al., 2011  预测给定蛋白和RNA的互作

17、SPOT-Seq-RNA  

https://sparks-lab.org/server/SPOT-RNA/  Yang et al., 2014  预测给定蛋白是否为RNA结合蛋白

18、SPOT-Struct-RNA 

https://sparks-lab.org/yueyang/server/SPOT-Struct-RNA/  Zhao et al., 2011预测给定蛋白是否为RNA结合蛋白


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本文网址:http://www.igenebook.com/news/575.html

关键词:RBPs,RNA结合蛋白,结构预测

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