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ChIP质控之染色质片段化

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ChIP质控之染色质片段化

发布日期:2021-04-20 作者:程伟 点击:

Chromatin
染色质片段化

前面我们给大家讲解了ChIP质控之WB详解,有没看过的老师可以点击链接https://mp.weixin.qq.com/s/O9DZbWmv2Pqm53hiVgPxWA进行查看。

今天我们来说说ChIP质控之染色质片段化那些事吧。

样品经过甲醛交联后,DNA与蛋白质互作的过程已经在生物体内被固定,之后ChIP中染色质片段化后,针对目的蛋白的特殊抗体富集该目的蛋白,从而该蛋白互作的DNA也被pull下来,之后通过常规的DNA建库后,生信分析手段能够得到这些DNA的信息,这些DNA中某些区域大量富集就会产生peak峰,peak峰对应的基因即为与目的蛋白互作的DNA

从上面的实验步骤来看,片段化的好坏会直接影响后面分析的结果,片段化的片段过大,一来目前常用的测序平台PE150用得最多,过大的片段不容易得到全长序列,后续基因在基因组上的定位信息有小概率的出错。另外,过大的片段会有多个结合位点,很有可能产生假阳性富集。那么片段过小行不行呢?片段过小不是能更精确的得到富集区域么?当然了,理论上是这样,但是我们得根据实际情况来。首先,片段过小,可能会有部分结合位点被打断,使得该区域不能富集;另外,片段过小,在DNA纯化及建库过程中,磁珠或者纯化柱会优先结合大片段,有些小片段可能会被丢失;最后,在测序的过程中,小片段会有优先测序,而目前我们使用的测序平台因为测序量的问题,会同时铺多个文库,某个文库小片段居多,会影响整体的测序质量,而且PE150测序平台,片段过小,也会造成测序的浪费。总的来说,染色质片段化结果不能过大也不能过小。

那么染色质片段化到多大才最合适呢?我们认为,如果是最终是做ChIP-seq的话,染色质片段化大小集中在100-500 bp,如果是做的ChIP-qPCR的话,染色质片段化的片段最好集中在100-1000 bp。大家可以考虑下,为什么呢?

染色质片段化的方法通常有超声和酶解两种方法,两种方法得到的片段分布图不太一样,一个是得到一个拖带图,一个是有很明显的核小体条带分布。



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超声片段化

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酶解片段化

目前市场上超声的仪器多种多样,仪器功率也残差不齐,就连同一个公司的仪器还有不同的型号,所以我们不能一概而论说超声次数以及参数如何设置,只能说大家在正式实验前,针对不同的仪器,不同的样本得先摸索出不同的超声条件。

那么用酶解的方式是不是就不需要超声呢?也不是的,酶解方法主要利用微球菌核酸酶特异性切割核小体连接的DNA区域,所以最终会有不同大小的核小体分布图,但是酶解之后,我们还是需要对样本进行1-2个循环的超声来释放片段化后的染色质。

这里,我不得不小小得意一番,爱基百客公司目前已经成功实验了5000+ChIP结果,试验的样本种类也是超过了200+,抗体种类也是至少有100+了,样本小到不同的细菌、真菌样本,达到各种林木材料;常规的组织、细胞样本太多太多,不常规难做的果实、果肉组织、含高糖、高淀粉、高脂肪样本也都能成功实验,疑难样本的处理也因此申请了不少方法学专利。不同的样本针对我们公司的仪器也已经有了成熟的超声体系。

下面给大家展示下一些染色质片段化的图吧,这些图里有好的有坏的,经过了上面的讲解后,大家能够分辨哪些结果好,哪些结果坏么?欢迎各位老师在留言处答题啊O(∩_∩)O

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本文网址:http://www.igenebook.com/news/580.html

关键词:ChIP,ChIP-seq,ChIP-qPCR

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