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植物单细胞技术小谈

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植物单细胞技术小谈

发布日期:2021-05-14 作者:程伟 点击:

植物单细胞记

单细胞技术的发展在动物组织和细胞中应用十分广泛,并且越来越多的人在疾病、药物、肿瘤等研究中加入了单细胞技术的结合。但是植物样本在单细胞技术上应用还在早期阶段。当然,有很多科学家在单细胞技术发展的初期,就将单细胞技术应用在植物上,但是收效甚微。早期研究中最大的限制因素在于植物有较厚的细胞壁。


我们都知道,RNA既存在于胞质中,也存在于细胞核中。早期研究,大家更想得到样本中所有的转录本信息,但是碍于植物较厚的细胞壁,科学家们尝试了不同样本的原生质体制备方法,但是大部分植物比较难获得较好的原生质体。


单细胞技术能够更快速地识别稀有和新颖的细胞类型,同时表征多种不同的细胞类型和状态,更准确和完整地理解它们在生命过程中的作用等。这样的诱惑一直激发着植物科学家对于植物单细胞的应用。尤其是单核转录组技术的发展,以及更多科学家对于单细胞转录组和单核转录组的对比实验发现,单核转录组也能够满足科学家的应用,并且在研究不那么关注胞质转录本的前提下,单核转录组与单细胞转录组的结果差别不太大。单核转录组一样可以鉴定出新的细胞类型,鉴定出的细胞marker基因准确性也较高,更推动了植物单核转录组的进程。从下图可以植物单细胞的发展进程可以看出,今年来,植物单细胞的应用也越来越多。

植物单细胞发展进程.png

图:植物单细胞发展历程(Carolin et al. 2021

除了单细胞转录组技术在植物中的应用,scATAC-seq技术也是目前大家研究的热点,单细胞多组学技术的联合分析,能够解决更多的组学问题,对于植物调控过程中的转录因子鉴定更加准确。


Bulk实验中,组学技术的发展也是从基因组研究到转录组研究,进而研究深入到ChIP、甲基化、ATAC等。目前单细胞的基因组学研究在医学上早就有应用,大家关注较多的是CNV分析,之后的单细胞转录组技术也是发展了一段时间后迅速在医学研究热榜中登上“头条”。还有scATAC以及空间转录组的应用也开始进入“热榜”。近期也有医学的文章进行sc CUT&Tag研究。植物研究中,单细胞转录组和单细胞表观技术也越来越被关注,scCUT&Tag技术在植物中受到青睐也是迟早的事情^_^


爱基百客生物致力于bulk表观技术,在常规表观技术上有丰富的实验经验。在单细胞技术发展红海中,爱基百客也抓住了这样的单细胞技术浪潮,购买了10x单细胞捕获仪器,也成功实验了不少的动物样本。在植物样本中,也进行了很多的试验和实验。scCUT&tag技术更是获得了武汉科技局的项目资助。


相信不久的将来,植物领域的单细胞技术文章中,能经常见到爱基百客的“身影”。

好与坏,咱们江湖见!


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关键词:scRNA-seq,scATAC,scCUT&tag

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