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单细胞转录组,选择scRNA-seq or snRNA-seq

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单细胞转录组,选择scRNA-seq or snRNA-seq

发布日期:2021-06-18 作者: 点击:

单细胞测序scRNA-seq作为近几年生物及医学研究的热门技术,其中单细胞解离是这技术中最为关键的第一步,却也是影响因素最大的一步。原因如下:

1、细胞解离会导致某些细胞类型丢失

组织是由各种细胞类型有机结合在一起而发挥功能作用的,这些不同的细胞类型相互结合的方式也不同,因此在解离过程中不同类型细胞在解离效率上存在差异。如与免疫细胞相比,成纤维细胞和内皮细胞更多嵌于细胞外基质和基底膜中,因此更难以分解;同时一些较为敏感的细胞可能会因为解离过度而破碎。

2、 不适用于含大细胞的样本类型

目前单细胞测序平台对单细胞体积有限制,而某些类型细胞的体积则超此条件,如心肌细胞、骨骼肌细胞和脂肪细胞,这些细胞的共同点均是“大”,这类样品不适合scRNA-seq

3、 解离过程诱导应激基因的表达

常用于scRNA-se的细胞悬液制备方法是热酶解法(37℃解离),此条件实际上等同于对细胞施加了刺激,诱导某些基因表达,导致获得的数据无法真实的反应细胞转录状态,数据可靠性降低。

4、 仅适用于新鲜组织样本

scRNA-seq对要求是活的细胞悬液,只适用于新鲜组织,意味着冷冻保存的样本无法进行scRNA测序。


基于以上列出的scRNA-seq的局限性,snRNA-seq开始在一些研究中被广泛应用。

1、scRNA-seq受限的组织类型

有些组织单细胞解离困难,还有些组织的细胞体积过大,这类样品不得不选择snRNA-seq。如心脏、肾脏、肌肉、胰腺、脂肪、视网膜和血管等。

2、适用样本类型丰富,操作步骤相对简单

由于核膜稳定性比细胞膜高,因此组织冻存后细胞核膜不会被破坏,因此冻存组织可以提核做snRNA-seq,极大提高了单细胞测序的样本类型丰富度。并且提核过程操作是研磨破碎和纯化,所有操作步骤相对简单,降低了细胞核损耗。

总结

snRNA-seq相比scRNA-seq在样本丰富度上更有优势,不再仅局限于新鲜样本,也适合与一些难解离样本,同时开拓了冻存样本的利用,越来越多的研究者选择利用snRNA-seq来进行单细胞测序研究。

本文网址:http://www.igenebook.com/news/596.html

关键词:单细胞技术

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