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ChIP话题|ChIP之NGS建库

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ChIP话题|ChIP之NGS建库

发布日期:2021-08-18 作者:程伟 点击:

大家都知道爱基百客的ChIP实验做的比较好,实验经验也是非常多的(5000+的ChIP-seq成功经验),实验外包,给爱基100%放心。随着表观技术的发展,表观技术越来越受到科研工作者的关注与青睐。市场上也有很多成熟的建库试剂盒在售卖,本着为科学贡献的原则,爱基百客一直在努力与各位老师分享ChIP实验中的各种技术要点、躲坑秘籍,前面介绍了特别多,大家如果感兴趣可以回顾看看。

今天我们要分享的是ChIP实验中的NGS建库,很多老师可能要说,这个建库有什么难的,不就是常规的DNA建库么,本质没区别啊,但是真的没区别么?

虽然ChIP建库,最后获得的是片段化的DNA,所以理论上讲,它就是DNA建库,所以我们也会发现,很多公司ChIP建库收费很便宜,因为它们就是用普通的DNA建库试剂盒来建库。如果老师去对比ChIP专用建库试剂盒和一般的DNA建库试剂盒,也会发现ChIP专用建库试剂盒的价格贵了很多倍不止,那么,这两者的差别在哪里呢?

首先给大家看看市场上ChIP建库试剂盒的说明吧

00.png

从这里我们可以看到,ChIP专用建库试剂盒针对低起始量DNA,并且ChIP的产物一般纯度都不太高,需要活性非常好、对DNA纯度要求稍微低一点的酶进行实验。看了ChIP专用建库试剂盒,再来看看常规的DNA建库试剂盒吧:

00.png

这里可以看到常规DNA建库试剂盒起始量都要求比较高,当然了,也有DNA微量建库试剂盒,但是成本肯定比这个试剂盒高了,并且常规的DNA建库试剂盒对DNA的质量要求也是非常高的,不能有有机试剂残留,不能有蛋白、RNA污染。

也许有老师说,不就是起始量高低的问题吗?只要能建库成功不就可以了。这里我想说的是,如果能尽可能低的PCR循环数建库成功也是可以的啊,但是很多时候,我们可能为了达到以下目的:1)建库成功;2)达到测序浓度从而增加了PCR循环数,PCR循环数越高,人为引入的PCR偏好性导致的差异就越大(偏好性导致样本会不均一扩增,即有的扩增多,有的扩增少,从而导致偏差),这样更容易引入假阳性结果。

爱基百客生物测试了市场上大部分的建库试剂盒,对不同试剂盒产生的差异有深刻的体验感,尤其是做转录因子的ChIP实验时,更需要ChIP专用建库试剂盒,不然辛辛苦苦作为前期实验,后面建库失败了,这失落感相信不用我多说。

做ChIP,找爱基,疑难样本ChIP,更要找爱基!


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关键词:ChIP,NGS建库,ChIP建库

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