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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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详细说明

RRBS

  • 产品介绍
  • 案例分析

RRBSReduced Representation Bisulfite Sequencing


产品介绍:


RRBSReduced representation bisulfite sequencing,简化甲基化测序)是利用限制性内切酶MspⅠ酶对基因组进行酶切,富集CpG片段,再进行Bisulfite测序,从而对富集片段的甲基化展开分析的技术。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度,是一种高效、经济的DNA甲基化研究方法,在大规模样本的研究中具有广泛的应用前景。


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RRBS-seq测序基本原理


技术路线:

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样本要求:

DNA总量:大于2 μg

DNA浓度:40 ng/μl

DNA纯度:OD260/OD280=1.8-2.0OD260/OD230大于2.0,琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb,无拖尾无降解,无蛋白污染。


建库测序:

测序策略:Illumina Hiseq, PE150

测序深度:10G


项目周期:

45个工作日



案例分析

《Zeb2在小鼠胚胎干细胞的外胚层出口调控细胞命运》

Zeb2 Regulates Cell Fate at the Exit from Epiblast State in Mouse Embryonic Stem Cells. Stem Cells. 2016;35(3):611-625(IF=5.587)


研究背景:

在人类ESCs中,转录因子Zeb2调控神经外胚层与中胚层的形成,但Zeb2这些细胞中影响其全转录调控网络原因尚不清楚


研究结果:

作者制备Zeb2敲除(KO)小鼠ESCs,将其作为胚状体(EBs)进行神经一般分化,并在神经分化过程中进行RNA-seqRRBS-seq分析。结果表明,Zeb2优先作为与发育进程相关的转录抑制因子,而Zeb2 KO ESCs可以在其早期就去除了Zeb2影响。然而,这些细胞大多数在EBs胚层的早期状态时,神经和中胚层分化中就已经受损。在Zeb2敲除情况下,参与多能性、上皮-间质转化基因EMTDNA-甲基化的基因(包括Tet1)被解除控制。有趣的是,即使在长时间的分化后,这类Zeb2 KO EBs的细胞仍能保持重新适应2i+LIF条件的能力,而Tet1敲低挽救了它们部分受损的分化。因此,除了在EMT中的作用外,Zeb2ESCs从外胚层状态退出的过程中也是至关重要的,它将多能性网络和DNA甲基化与不可逆转的分化联系在一起。

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▲细胞分化过程中RRBS结果


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