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hMeDIP-seq
hMeDIP-seq（Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）产品介绍： hMeDIP-Seq (Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，羟甲基化DNA免疫共沉淀测序)是一种基于富集方法研究DNA甲基化的测序技术。目前主要是利用5hmC抗体特异性富集基因组上发生羟甲基化的DNA片段，在高CpG密度、高DNA甲基化水平区域具有很好的抗体亲合性，然后通过高通量测序可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究。利用MeDIP-seq技术能快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织或疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异，为生物学研究或临床应用方案提供理论依据。
▲hMeDIP-seq建库测序原理
技术路线：
样本要求： DNA总量：大于10 μg DNA浓度：≥50 ng/μl DNA纯度：OD260/OD280=1.8-2.0，OD260/OD230大于2.0，琼脂糖凝胶电泳检测主带大约23Kb，无拖尾无降解，无蛋白污染。 建库测序： 测序策略：Illumina Hiseq, PE150 测序深度：20-30M clean reads 项目周期： 50个工作日 案例分析 《hMeDIP-seq法检测早熟中华绒螯蟹睾丸rRNA基因的低羟甲基化》 Hypo-hydroxymethylation of rRNA genes in the precocious Eriocheir sinensis testes revealed using hMeDIP-seq. Scientific Reports, 2017:(1). （IF=4.122） 研究背景： 性早熟是蟹养殖业中普遍存在的一种现象，严重降低了养殖户的经济效益。为了解决这一问题，本研究旨在探讨睾丸rRNA基因的甲基化和羟甲基化在中华绒螯蟹性早熟方面的潜在功能。 研究结果： 结果表明，正常发育的中华绒螯虾睾丸rRNA基因甲基化水平低，羟甲基化水平高；然而，虽然甲基化水平相似，但早孕睾丸的羟甲基化水平低于正常水平。早孕和正常睾丸间的18S和28S rRNA基因的羟甲基化差异极显著(P<0.01)。我们的结果提示，18S和28S rRNA基因可能参与了性早熟的过程，这两个基因通常是被低羟甲基化下调的。我们的研究结果还表明，18S和28S rRNA基因的羟甲基化可能作为一种重要的表观遗传分子标记来评估该物种的生长和育种的重要经济潜力。
▲rRNA甲基化和羟甲基化分布情况 |
