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武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),注册于2014年12月31日,次年10月正式开始对外运营,是一家专业提供表观组学技术服务、高通量测序、单细胞测序分析的新型生物科技服务企业。

公司总员工已达到百余人,其中95%以上具有学士学位,40%以上具有硕士及以上学位,专职科研人员20余人,专职销售人员30余人,覆盖全国90%的省市,核心成员来自国内知名高效、基因测序公司、信息分析公司等。

公司运营至今销售额累积1亿左右,成为国内成长最迅速的二代测序与生物科研服务企业之一。




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TECHNOLOGY SERVICE

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详细说明

CLIP-seq

  • 产品介绍
  • 案例分析

CLIP-seq(UV cross-linking and immunoprecipitation sequencing


产品介绍

紫外交联免疫沉淀(UV cross-linking and immunoprecipitation, CLIP)用于在全基因组范围内研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,揭示其生物学功能。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外 照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的RNA片段,经添加接头、RT-PCR等步骤,对这些分子进行 高通量测序,再经生物信息学的分析和处理、总结,挖掘出其特定规律,从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。

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CLIP-seq实验流程


技术路线:

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样本要求:

细胞:1×108 

动物组织:0.5 g

植物组织5 g

真核微生物:1 g


建库测序:

测序策略:Illumina Hiseq, PE150

测序深度:6-12 G


项目周期:

90个工作日



案例解析

《miR-155结合图揭示了广泛的非典型MicroRNA靶向情况》

Transcriptome-wide miR-155 Binding Map Reveals Widespread Noncanonical MicroRNA Targeting. Molecular Cell, 2012, 48(5):760-770.(IF=14.548)


研究背景:

microRNAs (miRNAs)是基因调控的重要组成部分,但miRNA靶标的识别仍是一个重大挑战。大多数的靶标预测和发现依赖于miRNA种子序列与3’ -UTR的完美互补。然而,目前尚不清楚没有种子序列的miRNAs在多大程度上靶向位点。


研究结果:

T细胞中,通过CLIP-seq鉴定了Argonaute蛋白结合的RNA,结果表明40%  miR-155依赖的 Argonaute结合都遵循严格的碱基配对原则,但是大多数结合的时候,都会有1个碱基的错配,有利于深入了解miRNA调控基因表达的分子机制。

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图:差异剪接序列识别miR-155介导的Argonaute结合位点



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