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酶解法甲基化测序(EM-seq)
EM-seq（Enzymatic Methyl-seq）产品介绍EM-seq，全称为Enzymatic Methyl-seq，是一种新型的DNA甲基化检测技术。它利用酶学方法区分DNA上的未甲基化的C和甲基化的5mC（或羟甲基化的5hmC）。Enzymatic Methyl-seq（EM-seq）通过酶法完成WGBS建库，其对DNA的酶处理分为两步：第一步使用TET2酶以及氧化增强剂将5mC和5hmC氧化成5caC，保护经过修饰的胞嘧啶；第二步利用脱氨酶APOBEC对胞嘧啶进行脱氨处理，此步骤不会对5caC造成影响，从而实现5mC和5hmC的检测。
技术优势
样本要求动物组织≥0.2 g DNA≥500ng （浓度≥20ng/uL） 细胞：≥5✖106个 建库测序 测序策略：PE150 测序深度：推荐至少30X 通过浆细胞游离DNA的靶向酶促甲基测序来检测肝细胞癌 Hepatocellular carcinoma detection via targeted enzymatic methyl sequencing of plasma cell-free DNA 期刊：Clinical Epigenetics | 影响因子：4.4 | 发表时间：2023 | 发表单位：厦门大学 研究背景： 循环肿瘤DNA携带的表观遗传变异可作为非侵入性液体活检早期检测肝细胞癌（HCC）的生物标志物。然而，传统的甲基化分析方法，即双硫酸盐测序，由于DNA损伤严重的缺点，在少量cfDNA分析中的应用受到限制。 研究结果： 通过温和的酶介导转化，酶甲基测序（EM-seq）非常适合精准测定游离DNA的甲基化水平，为肝细胞癌（HCC）的早期检测提供了机会。甲基化对照组DNA的EM-seq分析显示，将未甲基化的C转化为U的酶促转化效率高于亚硫酸氢盐转化。此外，相对较大比例的未完全转化的EM-seq reads中，包含超过3个未转化的CH位点（CH=CC、CT或CA），这些可以通过过滤去除，从而提高EM-seq甲基化检测的准确性。研究分析了241例HCC、76例肝病和279例正常血浆样本，使用EM-seq和靶向捕获技术测量1595个CpG位点的甲基化值。模型训练确定了283个CpG位点在HCC与非HCC样本之间存在显著的甲基化水平差异。基于这些标记的HCC筛查模型能够有效区分HCC样本和非HCC样本，在测试集中曲线下面积为0.957（sensitivity=90%，specifcity=97%），在不同阶段以及在血清α-胎蛋白/维生素K缺乏II诱导的蛋白阴性样本中表现良好。
图：靶向EM-seq测序和标志物选择 |
