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SNP分型

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SNP分型

  • 所属分类:分子标记

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  • 发布日期:2018/11/20
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详细介绍

SNP(single nucleotide polymophism),即单核苷酸多态,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态,形式包括单碱基的缺失、插入、转换及颠换等。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点,有些SNP位点还会影响基因的功能,从而导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面)和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。

 

技术方法

1.TaqMan探针法

针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。通常用于少量SNP位点分析(见图1)。

 SNP分型

图1 某SNP位点分析结果   A.纯合(G/G)  B.杂合(G/T)


2、PCR测序:SNP分析的金标准,可发现未知SNP位点。

单核苷酸多态

SNP检测

图2 目的基因SNP测序结果


3、Hi-SNP分型服务

Hi-SNP结合多重PCR技术和高通量测序技术,对需要检测的位点设计特异性引物,在单管内进行多重PCR扩增,不同的样本以不同的Barcode引物区分。混合样本后,在Ion Proton/illumina 主流测序平台上,对扩增子进行高通量测序。测序结果使用生物信息学方法,区分不同的样本,获得每个位点的SNP信息。高通量测序能一次对几百万条DNA分子进行序列测定,相比其他的SNP检测技术,基于高通量测序的SNP分型具有更准确、更灵敏的特点。

表观组学技术服务 

样品要求

细胞(≥10^6 )、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因组DNA(≥20μl,浓度≥50ng/μl)

 

案例分享

通过对绵羊的2644个基因组位点进行扩增和重新测序,开发第一批分布在羊基因组中的SNP。进行了基于阵列的基因分型,以确定23个驯养品种和2个野生绵羊品种的多态性水平。

基因表达定量

基因表达调控


 

可供利用的公开SNP网上资源

1. 由美国国立卫生研究院(National Institutes of Health, NIH)提供的主要是与癌症和肿瘤相关的候选SNP数据库:http://cgap.nci.nih.gov/GAI
2. 由NIH开辟的适于生物医学研究的dbSNP多态数据库: 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP
3. 由人类基因组组织机构(Human Genome Organization, HUGO)维持的突变数据库:
http://ariel.ucs.unimelb.edu.au:80/~cotton/mdi.htm
4. 由美国白头研究所(Whitehead Institute for Biomedical Research Genome Institute)建立的人类SNP数据库:
http://wwwgenome.wi.mit.edu/SNP/human/index.html
5. 由华盛顿大学(Washington University)支助的按染色体位置组织的SNP数据库: 
http://www.ibc.wustl.edu/SNP
6. 由瑞典卡尔林斯卡研究院(Karolinska Institute of Sweden)建立的HGBase数据库:
http://hgbase.cgr.ki.se/
7. 由国际医药与信息加工公司联合组成的SNP 研究联盟(The SNP Consortium, TSC)建立的SNP 数据库:
http://snp.cshl.org/db/snp/map
8. 由美国国立环境健康科学研究院(National Institute of Environmental Health Science)资助的犹他州大学SNP数据库:
http://www.genome.utah.edu/genesnps/


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关键词:基因表达定量,基因表达调控,表观组学技术服务

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