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SSR标记开发

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SSR标记开发

  • 所属分类:分子标记

  • 点击次数:
  • 发布日期:2018/11/20
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详细介绍

微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星中重复单位的数目存在高度变异,这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同,因而造成多个位点的多态性。SSR标记能很好地将这些变异揭示出来,不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性。

 

技术原理

SSR(Simple Sequence Repeats),又叫微卫星DNA(Microsatellite DNA)。重复单元很短,只有1-6 bp;重复数可变,总长度为几十个bp,分布于整个基因组的不同位置上。微卫星DNA两端的序列一般是相对比较保守的单拷贝序列,据此可设计特异引物进行PCR扩增。根据串联重复数不同,便可以揭示微卫星DNA长度的多态性,具长度多态性的片段可用作分子标记。微卫星标记因具多态性丰富、重复性好、共显性等优点广泛应用于遗传图谱构建、种群遗传学、指纹分析、系统发育等研究领域。

 

技术流程

仪器平台:ABI3730

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技术优势

传统的SSR分子标记过程中存在挑克隆建库等繁琐的实验流程,而本方案是通过高通量测序的方法来寻找一条高效快速的取代途径。

1. 可进行未知基因组的物种进行SSR标记开发

2. 文库筛选率高,可高达70%;而传统方法筛选率在30%左右。

3. 数据产出量高,可得到几十万条包含SSR位点的序列。

4. 结合高通量测序技术及强大的生物信息分析技术,可对整个未知基因组进行搜寻,提高分子标记的开发力度。更容易发现新的SSR标记。

5. 更专业的SSR标记分析系统,个性化的数据分析。

 

样品要求

1. 基因组DNA:浓度≥100 ng/μl,总量≥10 μg,OD260/280介于1.8~2.0之间,电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整。样品浓度越高越好。

2. 血液样品:≥1ml,请使用专业抗凝管储存样品。

3. 动物组织样品:要求新鲜动物组织,避免脂肪组织,各样品重量>10g,干冰或液氮保存寄送。

4. 植物组织样品:要求新鲜较嫩的叶片组织,各样品重量>10g,干冰或液氮保存寄送。

5. 样品保存期间切忌反复冻融。

6. 请使用冰袋或干冰运输,避免DNA降解。

7. 请填写完整的送样单,用自封袋密封后随同样品一起送样。

8. 您还需要提供所有用于该项目实验的引物及荧光标记的类型。


结果展示

 

基因表达调控

基因表达定量



部分公司合作文章

Xing W, Liao J, Cai M, et al. De novo assembly of transcriptome from Rhododendron latoucheae, Franch. using Illumina sequencing and development of new EST-SSR markers for genetic diversity analysis in Rhododendron[J]. Tree Genetics & Genomes, 2017, 13(3):53

Xu, Q., Zeng, X., Lin, B., et al. A microsatellite diversity analysis and the development of core-set germplasm in a large hulless barley (Hordeum vulgare L.) collection[J]. BMC Genet, 2017, 18(1), 102. doi: 10.1186/s12863-017-0563-x

Zhao, J., Huang, L., Ren, X., et al.. Genetic Variation and Association Mapping of Seed-Related Traits in Cultivated Peanut (Arachis hypogaea L.) Using Single-Locus Simple Sequence Repeat Markers[J]. Front Plant Sci, 2017, 8, 2105. doi: 10.3389/fpls.2017.02105


本文网址:http://www.igenebook.com/product/565.html

关键词:基因表达定量,基因表达调控,表观组学技术服务

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