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ATAC-seq

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ATAC-seq

  • 所属分类:表观组学技术

  • 点击次数:
  • 发布日期:2018/11/20
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详细介绍

真核生物的核DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构,且能进一步折叠、浓聚,并在其他架构蛋白的辅助下,形成染色体。然而DNA的复制、转录和修复,是需要将DNA的高级结构解开的。这部分打开的染色质,就叫开放染色质(open chromatin)。而打开的染色质,就允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)跑过来与之相结合。而染色质的这种特性,就叫做染色质的可进入性(chromatin accessibility)。ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。

 

技术原理

经过改造后的Tn5转座酶,优先插入到没有蛋白保护的DNA区段(Open Chromatin),则该区段有富集,说明其属于染色质松散暴露状态,这个区域为转录活跃区域。

表观组学技术服务 

 

技术流程

基因表达调控 

 

分析流程

基因表达定量 

 

技术应用

Ø 将ATAC-seq和RNA-seq进行整合研究,将会获得对生物体(动物或植物)中的转录调控机制;宏观分析细胞在该特定时空下整个基因组的转录调控网络;探究不同时期关键转录因子。

Ø 通过ATAC-seq定义的open chromatin区域,再结合motif分析,识别哪种转录因子参与了基因表达调控

 

送样要求

l 新鲜细胞

细胞培养于培养瓶中,在运输前灌满培养基,室温运输。

具体要求为:细胞数量>20万,细胞状态良好无污染。


l 冻存细胞


对培养的细胞进行计数,按照每管5万个细胞进行分装,分装好的细胞 4°C、500 g离心 5 分钟。小心吸去全 部上清,加入500ul预冷PBS洗涤,4°C、500g离心5分钟。小心吸去全部液体,将细胞沉淀用液氮进行速冻,干冰运输。

具体要求:细胞严格按照每管 5 万个分装,每个样品分装三管。


l 动物组织


新鲜的组织样品取到1.5ml EP管中,用液氮进行速冻,干冰运输。

具体要求:动物组织量应当>1g,并且组织新鲜无降解,无结缔组织或血块存在。

l 植物组织

取新鲜的植物组织,用液氮进行速冻,干冰运输。

具体要求:尽量选取新鲜的幼嫩组织作为实验样品,样品量应当>2g。

 

案例分享

将ATAC-seq和RNA-seq进行整合研究,获得植物中的转录调控机制,探究同源基因调控差异。作者准备了拟南芥,苜蓿,番茄,水稻根尖部位细胞,还有拟南芥的根毛细胞和无根毛表皮细胞等样本,对这些细胞进行纯化后用ATAC-seq技术获得了开放染色质序列。作者分析了四个物种中根尖细胞中THS (transposase hypersensitive sites)的数目以及到TSS的距离,发现除了番茄每个基因平均的THS数目相比其他三个物种较高,其他数据在不同物种中有较好的一致性。

基因表达定量 


本文网址:http://www.igenebook.com/product/571.html

关键词:基因表达定量,基因表达调控,表观组学技术服务

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