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CLIP-seq

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CLIP-seq

  • 所属分类:表观组学技术

  • 点击次数:
  • 发布日期:2018/11/20
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详细介绍

CLIP-seq,又称为HITS-CLIP,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。近几年,这项技术也被应用到miRNA靶标鉴定等工作中。可以通过CLIP-Seq技术来进行miRNA靶基因的筛选。CLIP-Seq方法的应用能够非常明显地降低miRNA结合位点的假阳性预测频率,并且减小miRNA结合位点搜寻空间的范围,可以在全基因组范围内鉴定AGO2蛋白在不同RNA上的结合位点。


技术原理

其主要原理是基于RNA与结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,获得其中的RNA片段,经添加接头、RT-PCR等步骤,对这些分子进行高通量测序,再经生物信息学的分析和处理、总结,挖掘出其特定规律,从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。

 

技术流程

基因表达定量

样品要求

1、 细胞数≥10^7

2、 商业化ICC/IF抗体

测序策略

SE50

案例分享

选择野生型鼠伤寒沙门氏菌株SL1344及相关转Flag标签菌株的血清,利用CLIP-seq在不同种细菌类型中揭示了基因通过RNA结合蛋白进行翻译后修饰新机理。

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参考文献:Holmqvist E, Wright P R, Li L, et al. Global RNA recognition patterns of post-transcriptional regulators Hfq and CsrA revealed by UV crosslinking in vivo. Embo Journal, 2016, 35(9).


本文网址:http://www.igenebook.com/product/574.html

关键词:基因表达调控,基因表达定量,表观组学技术服务

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