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MeRIP-seq

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MeRIP-seq

  • 所属分类:表观组学技术

  • 点击次数:
  • 发布日期:2018/11/20
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详细介绍

与表观遗传的DNA和组蛋白修饰一样,RNA也受到各种修饰,其中mRNA和lncRNA主要的修饰是即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修饰(N6-methyladenosine,m6A)。m6A的修饰在真核生物中非常保守,从酵母、植物到高等动物中都广泛存在。研究发现,m6A是真核生物mRNA上很常见的一种转录后修饰,m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译,在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。目前对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术。

 

技术原理

MeRIP-Seq技术其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。通过对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,进而结合生物信息学分析,即可全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系统研究。

 

技术流程

基因表达定量 

 

分析流程

基因表达定量 

 

样品要求

1、细胞:10^8

2、组织:3~5g

3、RNA:300 μg;(OD260/280:1.6-2.3;RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7)

样品运输与保存

样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输。

 

案例分享

研究者首先对YTHDF家族成员对m6A的亲和力进行了检测,发现该家族成员富集结合具有m6A修饰的RNA。为了确定mRNA发生了m6A修饰,研究者进行了meRIP-seq;同时对YTHDF2蛋白进行了PAR-clip实验和RIP-seq实验,来系统鉴定细胞内m6A的特征及其被YTHDF2结合的特征。作者发现,YTHDF2结合的RNA中,有59%可以在meRIP-seq中检测到。且YTHDF2蛋白结合的m6A在mRNA的终止密码子和3’UTR区具有很强的富集,暗示其可能调控mRNA的翻译和稳定性。结果表明,YTHDF2结合m6A-RNA,并抑制这些RNA进入翻译机器,同时降低mRNA的稳定性。

基因表达调控 

Figure 1. YTHDF2 selectively binds m6A-containing RNA

表观组学技术服务 

Figure 3. YTHDF2 affects SON mRNA localization in processing body (P-body)


本文网址:http://www.igenebook.com/product/577.html

关键词:基因表达定量,基因表达调控,表观组学技术服务

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