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RIP-seq

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RIP-seq

  • 所属分类:表观组学技术

  • 点击次数:
  • 发布日期:2018/11/20
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详细介绍

将RNA结合蛋白免疫沉淀(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay;RIP)技术第二代测序技术(Next-Generation Sequencing, NGS)相结合;RIP-seq (RNA-immunoprecipitation and high-throughput sequencing),能够通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序,可获得RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式,并对其结合强度进行精确定量,通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化,阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。

 

技术流程

RIP-seq 

 

分析流程

基因表达调控

 

样品要求

1. 目的蛋白抗体(可用于IP)及其说明书

2. 细胞:≥10^8

 

案例分享

通过对HCT116(正常表达Wig-1的细胞系)Saos-2 (过表达Wig-1的细胞系)进行RIP-seq实验,分别获得了2335个和354个靶RNA,其中两者共有的靶RNA为286。研究表明Wig-1与其靶mRNAs的结合是由位于转录本3′UTR区的ARE (AU富集元件) motifs调控的。

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图1 共同靶向RNA分析

基因表达定量 

图2 相关Motif分析

参考文献:

Bersani, C., Huss, M., Giacomello, S., et al. (2016). Genome-wide identification of Wig-1 mRNA targets by RIP-Seq analysis. Oncotarget, 7(2), 1895-1911. doi: 10.18632/oncotarget.6557

 


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关键词:基因表达定量,基因表达调控,表观组学技术服务

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