RIP-seq

将RNA结合蛋白免疫沉淀（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay；RIP）技术第二代测序技术（Next-Generation Sequencing, NGS）相结合；RIP-seq （RNA-immunoprecipitation and high-throughput sequencing），能够通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序，可获得RNA结合蛋白（RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式，并对其结合强度进行精确定量，通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化，阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。

技术流程

分析流程

样品要求

1. 目的蛋白抗体（可用于IP）及其说明书

2. 细胞：≥10^8

案例分享

通过对HCT116（正常表达Wig-1的细胞系）Saos-2 （过表达Wig-1的细胞系）进行RIP-seq实验，分别获得了2335个和354个靶RNA，其中两者共有的靶RNA为286。研究表明Wig-1与其靶mRNAs的结合是由位于转录本3′UTR区的ARE (AU富集元件) motifs调控的。

图1 共同靶向RNA分析

图2 相关Motif分析

参考文献：

Bersani, C., Huss, M., Giacomello, S., et al. (2016). Genome-wide identification of Wig-1 mRNA targets by RIP-Seq analysis. Oncotarget, 7(2), 1895-1911. doi: 10.18632/oncotarget.6557