Small RNA-seq

小RNA主要包含miRNA 、piRNA 、siRNA、snoRNA等RNA分子。小RNA参与基因表达与调控、RNA的加工与剪切、蛋白质翻译、遗传“入侵”抑制、配子发生等重要生物学过程，是生命活动中必不可少的调控因子。小RNA中主要组成的是微小RNA(microRNA, 简称miRNA),可通过识别靶mRNA 实现转录后的基因调控。研究表明, 包括癌症、心血管疾病、免疫系统疾病在内的多种疾病与miRNA 的调控作用密切相关。

技术原理

小RNA测序通过将18-30 nt范围的小RNA从总RNA中分离出来，两端分别加上特定接头后体外反转录做成cDNA再做进一步处理后，利用测序仪对DNA片段进行单向末端直接测序。通过对小RNA大规模测序分析，可以从中获得物种全基因组水平的小RNA表达信息。

技术流程

分析流程

样品要求

总RNA≥1.5ug；RNA样品浓度≥250 ng/ul；

测序平台策略

BGI平台；SE50

案例分享

研究利用高通量测序手段研究了CMA（牛奶过敏）中起关键调节作用的 miRNA及其靶基因，为CMA发病诊断和治疗策略提供了新思路。研究者选取了4-18个月的儿童中获得的外周血单核细胞：10例CMA患者和11例健康对照者，构建了smallRNA测序文库。miR-193a-5p可能在IgE介导的CMA中起作用。这个miRNA可能成为儿童时期食物过敏常见形式的一种新的诊断和治疗靶点。