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scATAC-seq

scATAC-seq

  • 所属分类:10x Genomics单细胞研究策略

  • 点击次数:
  • 发布日期:2020/06/05
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详细介绍

产品介绍

多数基因组中的染色质都紧紧盘绕在细胞核内,但也有一些区域经染色质重塑后呈现出松散的状态,这部分无核小体的裸露DNA区域被称为开放染色质(open chromatin),而DNA复制和基因转录都发生在这些区域。染色质的这种特性叫做染色质的易接近性(chromatin accessibility),通过研究细胞特定状态下开放的染色质区域可以在DNA水平上了解其转录调控。10x scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。

技术流程

scATAC-seq

样本要求:

样本类型:单细胞核悬浮液

样本来源:细胞系、原代细胞、冷冻保存样品

细胞核大小:小于40μm

数据量:推荐每个细胞核测2.5M reads

 

案例分享

《单细胞测序技术绘制哺乳动物染色质可接近性图谱》

A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility. Cell, 2018, 174:1309-1324.e18.IF=36.216

研究背景

目前已经有大量关于细胞系和组织中全基因组染色质的可接近性的研究。然而,细胞系在体外培养的过程中会发生改变,组织被细胞类型异质性混淆。虽然在体内细胞类型可以流动分类和研究,但会耗费大量劳力,而且需要相关研究报道的标记来区分。

研究内容

研究应用单细胞ATAC-seq分析了5只成年雄性小鼠13个组织约10万个单细胞染色质可及性,最终得到81173个细胞,共鉴定出85个亚群和436,206种调控元件,并利用启动子的相关基因对85个亚群的细胞类型进行注释,呈现了哺乳动物不同细胞类型的染色质调控图谱。联合单细胞RNA-seq分析数据,发现两种方法注释的细胞类型表现出高度一致性;基于KNN分类将scRNA-seq中最常见的标记关联到scATAC-seq数据,共同注释细胞类型。利用全基因组关联研究(GWAS)的数据,使用LDSC模型将人类的SNP提升到小鼠基因组中,根据DA峰值的重叠进行注释,研究人类特征性疾病与细胞类型间的相关性。

scATAC-seq

图:特异序列语法来分析特异细胞的染色质可接近性


本文网址:http://www.igenebook.com/product/587.html

关键词:scATAC-seq,10xscATAC-seq,10xGenomic

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