好消息！近期爱基百客客户连续产出3篇8分+的ChIP-seq文章。一篇来自中国农业科学院作物科学研究所的童红宁研究员团队7月5日发表在Plant cell（IF: 12.085）的“Rice DWARF AND LOW-TILLERING and the homeodomain protein OSH15 interact to regulate internode elongation via orchestrating brassinosteroid signaling and metabolism”研究论文。
一篇来自中山大学生命科学学院李剑峰教授团队7月18日发表在Nature Plants（IF:17.352）的“Plasma membrane-nucleo-cytoplasmic coordination of a receptor-like cytoplasmic kinase promotes EDS1-dependent plant immunity”研究论文。
ChIP-seq作为爱基百客的王牌产品，积累了丰富的项目经验，这3篇ChIP-seq文章的连发，进一步彰显实力。小编精选了几篇今年发表的植物、动物和真菌等方向的客户文章，帮大家开拓思路。
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水稻DWARF AND LOW-TILLERING与同源结构域蛋白OSH15相互作用，通过协调油菜素内酯信号和代谢调控节间伸长
期 刊：Plant Cell（IF:12.085）2022年7月5日，中国农科院作科所童红宁课题组在植物权威期刊Plant Cell （IF：12.085）发表题为“Rice DWARF AND LOW-TILLERING and the homeodomain protein OSH15 interact to regulate internode elongation via orchestrating brassinosteroid signaling and metabolism”的研究论文。该研究发现了OSH15编码一个homeodomain-containing蛋白质。OSH15可直接与DLT相互作用形成蛋白复合物，调节BR含量和BR信号转导。
油菜素内酯（brassinosteroids, BR）植物激素在调节水稻节间伸长中起着重要作用。然而，潜在的机制在很大程度上仍不清楚。矮低分蘖(dlt)突变体是一种轻微的BR信号缺陷突变体。在该研究中，作者发现了两个dlt增强子，与最上节间(IN1)相比，它们表现出更严重的下节间缩短。这两个突变体都携带ORYZA SATIVA HOMEOBOX 15 (OSH15)的等位基因，OSH15是侏儒6型突变体的创始基因，它们有缩短较低的节间，但不包括IN1。与突变表型一致的是，OSH15在低节间的表达比IN1强得多，尤其是在IN2中。osh15单突变体的BR敏感性受损，伴随着幼苗的BR合成增强。DLT与OSH15相互作用，共同调控幼苗和节间的许多基因。OSH15靶向并促进BR受体基因BR INSENSITIVE1(OsBRI1)的表达，而DLT以剂量依赖性的方式促进了这一调控。在osh、dlt和osh dlt中，幼苗和穗中BR的水平高于野生型，但是在节间出乎意外地低于野生型。总的来说，该研究暗示DLT与OSH15（OSH15在下方的节间行使功能）互作，通过调控BR信号和代谢调控水稻节间伸长。水稻OsUBR7通过调节组蛋白H2B单泛素化和细胞增殖来调节株高
期 刊：Plant Communications（IF: 8.625）2022年7月14日，华南农业大学生命科学学院刘耀光院士团队在Plant Communications（IF: 8.625）发表题为“Rice OsUBR7 modulates plant height by regulating histone H2B monoubiquitination and cell proliferation”的研究论文。该研究发现了一个水稻蛋白UBR7行使H2BK148ub E3连接酶的功能，与E2结合酶OsUBC18协调发挥作用。OsUBR7通过介导一些染色质位点的H2Bub1，使靶基因正常表达，调控株高。OsUBR7可以作为一种尚未开发的作物改良表观遗传资源。株高是决定植株抗倒伏能力和产量的重要农艺性状。该研究报道了水稻(Oryza sativa L.)一个与植株高度相关的新基因OsUBR7；敲除OsUBR7导致节间细胞减少，造成半矮秆表型。OsUBR7编码一个假定的E3连接酶，包含一个Plant Homeodomain-finger和一个泛素蛋白连接酶E3组分N-Recognin7 (UBR7)结构域。OsUBR7与组蛋白互作，并协调E2结合酶OsUBC18单泛素化H2B（H2Bub1）的148位赖氨酸。OsUBR7在一些染色质位点介导H2Bub1，使靶基因正常表达，包括细胞周期相关和多向性的基因。这与osubr7突变体中观察的结果一致，osubr7突变体由于H2Bub1和这些位点表达水平的减少，细胞周期进程得到抑制。粳稻和籼稻品种中OsUBR7等位基因的遗传分化影响它们的转录活性，并且这些等位基因可能在水稻驯化过程中经历了选择。总的来说，该研究提供了一种在植物中介导H2Bub1的新机制，UBR7同源基因可以作为一种尚未开发的作物改良表观遗传资源。
类受体细胞质激酶的细胞膜-细胞核-细胞质的协调促进EDS1依赖的植物免疫性
期 刊：Nature Plants（IF:17.352）2022年7月18日，中山大学生命科学院李剑锋教授团队在Nature Plants（IF:17.352）发表题为“Plasma membrane-nucleo-cytoplasmic coordination of a receptor-like cytoplasmic kinase promotes EDS1-dependent plant immunity”的研究论文。该研究报道了拟南芥细胞膜定位的类受体胞质激酶RLCK PBL19在几丁质诱导后通过其N端核定位序列（NLS）从胞膜转移到细胞核。该研究揭示了一个植物此前未知的几丁质信号分支，通过该信号几丁质诱导的PBL19 质膜-核易位协调其转录自调控和胞质的PBL19介导的EDS1磷酸化促进抗真菌免疫。植物利用细胞表面免疫受体识别病原特异性模式，以唤起基础免疫。ENHANCED DISEASE SUSCEPTIBILITY （EDS1）对植物组成型免疫至关重要，而其模式识别的激活机制仍然是个迷。在拟南芥中，真菌模式几丁质诱导质膜定位类受体胞浆激酶PBS1-LIKE 19 (PBL19)进行核易位。棕榈酰化缺陷体PBL19C3A变体持续存在于细胞核中，主要通过WRKY8和EDS1依赖的基础免疫触发转录自扩增。出乎意料地，metacaspase切割的PBL19缺乏N端核定位序列，特异地与包浆内的磷酸化的EDS1互相作用。缺磷EDS1可减弱PBL19C3A诱导的组成型变异，而磷拟态EDS1互补PBL19对真菌的抗性损失。总之，这些发现揭示了一个引人注目的模型，其中PBL19的质膜、核和细胞胞质池在时间上协调不同的免疫信号接收器、放大器和效应器，通过EDS1增强植物抗真菌免疫。
期 刊：Nature Communications（IF: 17.694）2022年1月22日四川农业大学李地艳教授团队和李明洲教授团队联合在Nature Communications（IF: 17.694）期刊发表了题为“Dynamic transcriptome and chromatin architecture in granulosa cells during chicken folliculogenesis”的研究论文。该研究探讨了鸡卵泡发育过程中10个时期里颗粒细胞的动态转录组，并评估了染色质结构动态及其在3个关键时期如何影响颗粒细胞中的基因表达。
卵泡发生是一个复杂的生物学过程，涉及中心卵母细胞及其周围体细胞。三维染色质结构是重要的转录调控因子；然而，其在鸡卵泡发育过程中颗粒细胞的动态和对转录调控作用知之甚少。作者研究了10个卵泡阶段的鸡颗粒细胞的转录组动力学，并评估了染色质结构动力学，以及它如何影响三个关键阶段（分级前小白卵泡、第一个最大的排卵前的卵泡和排卵后期卵泡）颗粒细胞中的基因表达。作者的研究结果证明了卵泡发育过程中染色质结构的整体重编程和转录组差异之间的一致性，为区室重排、拓扑关联域的可变组织以及启动子和增强子之间长距离相互作用的重连接提供了充分的证据。这些结果为鸟类生殖生物学提供了重要的见解，并为未来颗粒细胞功能的深入表征提供了基础数据集。在该研究中联合Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq和RNA-seq数据分析了鸡卵泡发育过程中颗粒细胞启动子和增强子的全局重连接。
YB-1在基底样乳腺癌中是KLF5转录因子的正调控因子
期 刊：Cell Death Differ（IF:12.067）2022年1月13日昆明动物研究所陈策实研究团队在期刊Cell Death & Differentiation（IF:12.067）发表了题为“YB-1 is a positive regulator of KLF5 transcription factor in basal-like breast cancer”的研究论文。该研究结果表明Y-box结合蛋白1（YB-1）在不同水平上正调控KLF5转录因子，促进基底样乳腺癌的进程。新的RSK2-YB-1-KLF5-KRT16/Ly6D轴为基底样乳腺癌提供了诊断候选标记物和治疗靶点。Y-box结合蛋白1 (YB-1)是一种在多种癌症中高度表达的著名致癌基因，包括基底样乳腺癌(BLBC)。除了作为转录因子的作用，YB-1被新定义为涉及RNA 5-甲基胞嘧啶的表观遗传调控因子。然而，它的具体靶点和促癌功能尚不明确。在此，基于临床数据库，作者证明乳腺癌患者中Kruppel样因子5 (KLF5)与YB-1表达呈正相关，而与Dachshund同系物1 (DACH1)呈负相关。从机制上讲，YB-1不仅通过DACH1抑制转录激活，而且通过RNA 5-甲基胞嘧啶修饰稳定KLF5 mRNA，从而增强KLF5的表达。此外，核糖体S6激酶2 (RSK2)介导的YB-1 Ser102位点磷酸化促进YB-1/KLF5转录复合体的形成，共同调控BLBC特异性基因角蛋白16 (KRT16)和淋巴细胞抗原6家族成员D (Ly6D)的表达，促进癌细胞增殖。RSK抑制剂LJH685通过干扰YB-1-KLF5轴抑制BLBC细胞在体内的肿瘤发生。该研究的数据表明，YB-1在多个水平上正向调控KLF5以促进BLBC进展。新的RSK2-YB-1-KLF5-KRT16/Ly6D轴为BLBC提供了候选的诊断标志物和治疗靶点。该研究在HCC1806细胞中对Flag-YB-1和KLF5进行ChIP-seq分析，统计分析了它们的共有结合位点，对这些位点的元件特征、分布模式、KEGG/GO富集进行了分析。
肌动蛋白作为转录起始复合物(TIC)的组成部分促成杆状病毒多面体蛋白(polh)和p10的超量表达
2022年1月14日，浙江大学动物科学学院的吴小峰教授团队在期刊Viruses（IF:5.818）发表题为“Actin Contributes to the Hyperexpression of Baculovirus Polyhedrin (polh) and p10 as a Component of Transcription Initiation Complex (TIC)”的研究论文。该研究对杆状病毒的晚期基因polh和p10的超表达机制进行了探索，发现肌动蛋白作为转录起始复合物的组成部分正调控晚期基因的高表达。极晚期基因polh和p10的高表达是杆状病毒生命周期的显著特征之一。然而，这两个基因高表达的潜在机制仍然不清楚。在该研究中，利用DNA pull-down和LC-MS/MS技术分析肌动蛋白被鉴定为polh和p10启动子的高潜在结合搭档。抑制肌动蛋白动力会延迟和减少polh和p10转录。肌动蛋白与病毒的RNA聚合酶和转录调控因子互相作用，随着肌动蛋白动力的中断，病毒聚合酶的核输入受到抑制。同时，通过染色质免疫沉淀(ChIP)检测发现在polh和p10启动子中肌动蛋白高度富集，表明肌动蛋白是病毒聚合酶TIC的组成部分。此外，actin过表达后，在polh和p10启动子控制下，荧光素酶(Luc)的表达显著上调。综上所述，actin作为TIC组分参与了polh和p10的高表达。这些结果有助于促进杆状病毒表达载体系统（BEVS）的外源基因的表达效率。
Fng3 ING蛋白通过与两个不同组蛋白修饰复合物互作调控H3乙酰化和H4去乙酰化
发表单位：西北农林科技大学
期 刊：New Phytol（IF:10.323）2022年6月2日，西北农林科技大学植保学院病原真菌功能基因组学团队在期刊New Phytol（IF:10.323）发表题为“The Fng3 ING protein regulates H3 acetylation and H4 deacetylation by interacting with two distinct histone modifying complexes”的研究论文。该研究发现Fng3通过与两种组蛋白修饰复合物相互作用参与组蛋白乙酰化的动态调控，对真菌的发育和致病性很重要。
组蛋白乙酰转移酶(HAT)和组蛋白去乙酰化酶(HDAC)复合物维持组蛋白乙酰化的稳态水平。生长抑制剂(ING)蛋白是HAT或HDAC复合物的关键成分，但它们与其他成分的关系以及在植物致病真菌中的作用尚不清楚。在该研究中，对小麦头疫病菌禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum）的FNG3 ING基因进行功能鉴定。FNG3缺失会导致真菌发育和发病机制的缺陷。和其他与不同复合体特异相关的ING蛋白不同，Fng3与NuA3 HAT和FgRpd3 HDAC复合体共同调控H3乙酰化和H4去乙酰化。在NuA3复合物中，FgNto1介导FgSas3-Fng3相互作用，而Fng3与FgRpd3的c末端区域相互作用，该区域存在于丝状真菌的Rpd3同源物中，但在酵母Rpd3中不存在。FgRpd3 c端尾部本质上无序的区域发生了相分离，这是其与Fng3相互作用的重要原因。此外，Fng3的ING结构域负责其蛋白-蛋白相互作用和功能的特异性。综上所述，Fng3通过与两种组蛋白修饰复合物相互作用参与组蛋白乙酰化的动态调控，对真菌的发育和致病性具有重要意义。
总结
ChIP-seq将染色质免疫共沉淀与二代测序相结合，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
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参考文献
1. Chen N, et al. Actin Contributes to the Hyperexpression of Baculovirus Polyhedrin (polh) and p10 as a Component of Transcription Initiation Complex (TIC). 2022. Viruses. doi: 10.3390/v14010153.
2. Li DY, et al. Dynamic transcriptome and chromatin architecturein granulosa cells during chicken folliculogenesis. 2022. Nature Communications. doi: 10.1038/s41467-021-27800-9.
3. Li YJ, et al. Plasma membrane-nucleo-cytoplasmic coordination of a receptor-like cytoplasmic kinase promotes EDS1-dependent plant immunity. 2022. Nature Plants.doi: 10.1038/s41477-022-01195-x.
4. Niu M, et al. Rice DWARF AND LOW-TILLERING and the homeodomain protein OSH15 interact to regulate internode elongation via orchestrating brassinosteroid signaling and metabolism. 2022. Plant Cell. doi: 10.1093/plcell/koac196.
5. Zheng YY, et al. Rice OsUBR7 modulates plant height by regulating histone H2B monoubiquitination and cell proliferation. 2022. Plant Commun. doi: 10.1016/j.xplc.2022.100412.
6. Xu HJ, et al. The Fng3 ING protein regulates H3 acetylation and H4 deacetylation by interacting with two distinct histonemodifying complexes. 2022. New Phytologist. doi: 10.1111/nph.18294.
7. Jiang DW, et al. YB-1 is a positive regulator of KLF5 transcription factor in basal-like breast cancer. 2022. Cell Death Differ. doi: 10.1038/s41418-021-00920-x.
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